2017年,癌症和肿瘤基因图谱 (The Cancer Genome Atlas, TCGA)团队在Nature上发布了最新的食管癌基因整合图谱,分别阐述了食管鳞癌和食管腺癌两种不同类型食管癌的基因特征,并据此将食管鳞癌分为三个亚型:ESCC1、ESCC2、ESCC3。 ESCC1以亚洲越南患者居多,具有抗氧化通路(NRF2)激活的特征。这一通路的激活与肿瘤细胞化...
胃肠道肿瘤被重新分为具有相同或不同分子特征的肿瘤类型。 对于食管癌(ESCA),我们将分子上不同的鳞状肿瘤作为食管鳞状细胞癌(ESCC)队列,其余的食管腺癌(EAC)与所有胃腺癌(STAD)肿瘤合并,形成胃食管腺癌(GEA)队列,这与癌症基因组图谱(TCGA)对胃肠道癌症亚型关系的解释一致。 结肠癌(COAD)和直肠癌(READ)肿瘤被合并...
TCGA数据库关于食管癌的,分成ESCC和EAC,其中ESCC好发于中国人群,所以作者关心TCGA数据库里面的90个ESCC病人。 根据CCL2基因的表达量,可以把TCGA数据库里面的90个ESCC病人分成高低表达CCL2的两个组,然后可以差异分析,GSEA分析等等 文章发表在Molecular Cancer杂志,2020年2月,标题有点长,是:CCL2-CCR2 axis recruits ...
TCGA数据库关于食管癌的,分成ESCC和EAC,其中ESCC好发于中国人群,所以作者关心TCGA数据库里面的90个ESCC病人。 根据CCL2基因的表达量,可以把TCGA数据库里面的90个ESCC病人分成高低表达CCL2的两个组,然后可以差…
ACC 肾上腺皮质癌、BLCA 膀胱尿路上皮癌、BRCA 乳腺癌、CESC 宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌;CRC 结直肠癌,HLM 血淋巴样恶性肿瘤,HN/ESCC 头颈部鳞状癌和食管鳞状细胞癌,LIHC 肝癌,LUAD 肺癌,LUSC 肺鳞状细胞癌,MESO 间皮瘤,PAAD 胰腺癌,PCPG 嗜铬细胞瘤和副神经节瘤,PRAD 前列腺癌、SARC 肉瘤、SKCM 皮肤...
TCGA数据库关于食管癌的,分成ESCC和EAC,其中ESCC好发于中国人群,关心TCGA数据库里面的90个ESCC病人。 根据CCL2基因的表达量,可以把TCGA数据库里面的90个ESCC病人分成高低表达CCL2的两个组,然后可以差异分析,GSEA分析等等 这次的学徒作业是完成下面的4幅图: ...
ACC 肾上腺皮质癌、BLCA 膀胱尿路上皮癌、BRCA 乳腺癌、CESC 宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌;CRC 结直肠癌,HLM 血淋巴样恶性肿瘤,HN/ESCC 头颈部鳞状癌和食管鳞状细胞癌,LIHC 肝癌,LUAD 肺癌,LUSC 肺鳞状细胞癌,MESO 间皮瘤,PAAD 胰腺癌,PCPG 嗜铬细胞瘤和副神经节瘤,PRAD 前列腺癌、SARC 肉瘤、SKCM 皮肤...
MicroRNAs(miRNAs) are promising biomarkers for early esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) detection and prognostic prediction. This study aimed to explore the potential biomarkers and molecular pathogenesis in the early diagnosis of ESCC. Firstly, 48 differentially expressed miRNAs (DEMs) and 1319 ...
1. 怎样利用TCGA数据挖掘 ESCC 和 EAC 的不同分子特征？2. ESCC 发生于食管上端是否与头颈癌（HNSC）相关？ EAC与胃部相连是否与胃癌(STAD)相关？第一步：筛选 ESCA 不同亚型样本 从左上角的‘Select Land’中选择 TCGA_B37 即可切换到TCGA数据集；基于左侧过滤条件 ’Tumor Type’ 筛选 ESCA；在右侧选择‘...
MicroRNAs(miRNAs) are promising biomarkers for early esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) detection and prognostic prediction. This study aimed to explore the potential biomarkers and molecular pathogenesis in the early diagnosis of ESCC. Firstly, 48 differentially expressed miRNAs (DEMs) and 1319 ...