首先作者使用SparCC算法来对肠道肿瘤CRC(COAD/READ)进行了聚类分析。最后发现CRC总共可以分成梭菌和拟杆菌两个聚类种群。 进一步基于两个聚类的分型,来分析不同的菌群对于其他组学RNA-seq、miRNA-seq、甲基化、RPPA的影响。寻找这些菌群可能的作用机制。 差异菌群分析以及预后相关分析 由于CRC当中包含了癌症和正常的组织。
请问为什么我从GDC下载的CRC的临床数据,没有提供DFS相关的随访信息,只有OS的,但是我查阅的文献TCGA的CRC数据集,是有DFS的,这个信息从哪里下载呢? 2023-07-23· 山东 回复喜欢 黄韬 要下载完整的临床数据,然后慢慢筛选呢 2023-08-15· 四川 回复喜欢 蹦蹦精 请问为什么GDC下载的数据只有counts没...
描述了不同部位CRC免疫景观的独特特征,并证明CD20+B细胞的浸润与CRC的预后和PD-1抗体的治疗效果相关。这些发现提示了临床干预的潜在治疗靶点。
为了研究CRC中枢基因的预后价值,基于样本分割方法和Cox回归模型,使用TCGA CRC数据集中的数据进行生存分析。使用Spearman的相关性分析评估中心基因之间的相关性。 研究结果: 与正常结直肠组织相比,在这三个GEO数据集中,共鉴定出105个常见DEG,包括CRC中51个下调基因和54个上调基因。构建了由100个DEG和551个边组成的PPI网...
1、通过TCGA数据和qRT-PCR测得的临床样本以及细胞系发现miR-378a-5p在CRC中的表达水平较低 2、通过EdU试验，伤口愈合试验，transwell试验发现miR-378a-5p阻碍了CRC的增殖和迁移潜能 3、miR-378a-5p在异种移植小鼠模型中促进结直肠细胞凋亡并抑制肿瘤生长 4、通过TargetScan预测miR-378a-5p的靶基因，发现CDK1可以...
ACC 肾上腺皮质癌、BLCA 膀胱尿路上皮癌、BRCA 乳腺癌、CESC 宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌;CRC 结直肠癌、HLM 血淋巴样恶性肿瘤,HN/ESCC 头颈部鳞状癌和食管鳞状细胞癌,LIHC 肝癌,LUAD 肺癌,LUSC 肺鳞状细胞癌,MESO 间皮瘤,PAAD 胰腺癌,PRAD 前列腺癌,SKCM 皮肤黑色素瘤,TGCT 睾丸生殖细胞肿瘤,THCA 甲状腺...
首先作者使用SparCC算法来对肠道肿瘤CRC(COAD/READ)进行了聚类分析。最后发现CRC总共可以分成梭菌和拟杆菌两个聚类种群。 进一步基于两个聚类的分型,来分析不同的菌群对于其他组学RNA-seq、miRNA-seq、甲基化、RPPA的影响。寻找这些菌群可能的作用机制。 差异菌群分析以及预后相关分析 由于CRC当中包含了癌症和正常的组织...
setwd("D:/BioInformationAnalyze/TCGAdata/CRC") load("TCGA-COAD_04.lncRNA_SurvData.Rdata")# 生存分析输入数据,包含tpm形式的表达矩阵和临床信息 需要的文件有基因表达文件(exprSet)和生存数据文件(meta),文件格式如下: 年龄 1 2 3 4 5 6
ACC 肾上腺皮质癌、BLCA 膀胱尿路上皮癌、BRCA 乳腺癌、CESC 宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌;CRC 结直肠癌,HLM 血淋巴样恶性肿瘤,HN/ESCC 头颈部鳞状癌和食管鳞状细胞癌,LIHC 肝癌,LUAD 肺癌,LUSC 肺鳞状细胞癌,MESO 间皮瘤,PAAD 胰腺癌,PCPG 嗜铬细胞瘤和副神经节瘤,PRAD 前列腺癌、SARC 肉瘤、SKCM 皮肤...
Kaplan–Meier生存曲线文中的生存曲线是6个hub基因的表达情况与生存时间的关系,按照高低表达进行的分组。 首先,要先获得TCGA中获得了360个CRC肿瘤样本的DEG表达谱和预后数据。然后,确定了每个基因的表达中值,…