也可以去 GSE21035 里面拿到前面CNV的IGV截图里面的细胞系的数据集,一起分析CNV,然后加载进入IGV看看能不能复现那个拷贝数全景图。
比如http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2014.08.016里面就是把自己的7个前列腺癌病人的CNV跟MSKCC的前列腺癌多组学队列研究对比。 所以这篇文章数据:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE60612也是Agilent-021529 Human CGH Whole Genome Microarray 1x1M,都是芯片拿到的CNV信息,可以相互比较。
染色体外DNA extrachromosomal DNA 着丝粒扩增评分(CA20)centrosome amplification score 11 个 DNA 修复特异性特征 胚系BRCA1 / BRCA2 突变 BRCA1 / RAD51C 超甲基化数据 HRDetect 评分 HRD 评分(Myriad myChoice) TP53 失活评分 端粒失衡评分 telomeric imbalances score 大规模状态转换评分 large-scale state trans...
整个 TCGA 数据集的基因表达超过 2PB,数据类型 包括 CNV 分析,SNP 基因分型,DNA 甲基化,miRNA 分析,外显 子组测序和其他类型的数据。 可以在 cancergenome.nih.gov 上了解 有关 TCGA 的更多信息。 数据现在位于 Genomic Data Commons Portal。 有很多方法可以访问 TCGA 数据而无需实际下载和解析来自 GDC 的...
RTCGA.CNV RTCGA.methylation 每一个包都是正规的bioconductor包,使用标准安装代码即可: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 if(!require("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("RTCGA")BiocManager::install("RTCGA.clinical")BiocManager::install("RTCGA.mR...
四是单独拿somatic的CNV数据来分析 这个分析也很简单,还是直接从Firehose (http://gdac.broadinstitute.org) 里面下载了所有的上面列出的样本的CNV数据,然后每个癌种都分男女分别跑一下GISTIC这个软件,得到somatic的拷贝数变异数据库,GISTIC软件是基于matlab的,在我的博客有详细介绍该软件如何使用。
Score 得分 小数,有的非常小(e-7),有负值 是一个矩阵,行为Hybridization REF,列为Composite Element REF,交叉点为得分(信号)Exp-miRNA unc_DWD_Batch_adjusted 小数,大部分为5-8,有11,无负值 CNV(CN Array) Methyl CNV(SNP Array) Traces Somatic Mutation Exp-Protein Protein Expression 蛋白质表达分数 有负...
数据类型主要包括mRNA芯片/测序、miRNA测序、甲基化芯片、CNV等多种组学,疾病包括39种常见癌症。我们今天给大家介绍一个预后相关的甲基化与表达谱整合的数据分析思路。 流程图 具体步骤简要介绍: 1.甲基化数据差异分析 2.各差异甲基化位点的生存分析 3.差异甲基化位点-mRNA相关性分析 4.mRNA表达水平的生存分析 通过...
(http://cancergenome.nih.gov) has accrued more than 10,000 cases of human cancer including over 25 different cancer types. Datasets including RNA-Seq, miRNA-Seq, Exon-Seq, somatic mutations, methylation, CNV for each case are publically available via the TCGA Data Portal (https://tcga-data...
(http://cancergenome.nih.gov) has accrued more than 10,000 cases of human cancer including over 25 different cancer types. Datasets including RNA-Seq, miRNA-Seq, Exon-Seq, somatic mutations, methylation, CNV for each case are publically available via the TCGA Data Portal (https://tcga-data...