我们以乳腺癌(Breast Cancer)为例,在“Cases”依次选择breast、TCGA、TCGA-BRCA、primary tumor;“Clinical”先默认全选; 在“Genes”选择protein_coding,在“Mutations”的COSMIC ID处选择Not Missing,其它选项根据自身需求去选择。 那么在左侧的这四个大选项中做好所需数据集筛选后,我们可以看向网页的右侧。最上面即...
总的来说,MMR生殖系突变样本中较高的白细胞分数和非沉默突变率局限于微卫星不稳定性(MSI-H)肿瘤(图7B)。这些关联是由乳腺癌(BRCA)样本驱动的(图6A和7A)。 全文总结 了解宿主的遗传背景对癌症免疫的贡献可能会导致免疫治疗分层的改进和新的治疗靶点的识别。作者研究了TCGA中9000名癌症患者常见和罕见生殖系变异对1...
这里用的是简称,比如BRCA就是乳腺癌。 而不同的时间,指的是TCGA数据库在发展过程中样本量的增加, 而FireBrowse是按照时间来定期运行程序处理数据的,所以一般来说用最新版的结果,就会涵盖TCGA里面的所有的样本了。 接下来下载所需要的数据,这里以乳腺癌为例,数据下载完后会直接放在你的工作目录,不同地方下载的速度...
#getProfileData函数的必要参数为cgdsr object---CGDS对象,genes---基因名称,geneticProfiles---需要研究的病例名称中的可用基因数据,caseList---需要研究的病例名称) BRCA1 <- getProfileData(mycgds, "BRCA1", my_dataset, my_table) #获取样本列表 dim(BRCA1) #以表格形式展示数据 DT::datatable(BRCA1) ...
明白什么是TMB TMB (Tumor mutation burden)的定义:癌症样本全基因组中去除胚系DNA变异后体细胞突变数目。比如Lawrence,MS团队在Nature上发表的研究中,将超过100个突变/Mb称之为高TMB。 Tumor mutation burden 涉及到两个重要概念germline mutation(种系突变或胚系突变)和somatic mutation(体细胞突变。Tumor mutation bur...
我们以乳腺癌(Breast Cancer)为例,在“Cases”依次选择breast、TCGA、TCGA-BRCA、primary tumor;“Clinical”先默认全选; 在“Genes”选择protein_coding,在“Mutations”的COSMIC ID处选择Not Missing,其它选项根据自身需求去选择。 那么在左侧的这四个大选项中做好所需数据集筛选后,我们可以看向网页的右侧。最上面即...