从左侧勾选框中找到Program字样,勾选TCGA 在右侧找到自己需要的癌种BLCA 下面是关键的步骤!!! 关系到能否精准下载指定项目的数据!!! 点开TCGA-BLCA超链接 弹出的对话框左上角处,点击Save New Cohort,在Name里写上名字 最后点击Save 关闭弹出的窗口 在左上角的下拉框,选择刚刚保存好的project 4 勾选需要下载的...
在执行重复交叉验证过程中,JADBio 采用了多种技术以加速计算,同时保持结果的质量;例如,如果性能改进被认为不太可能,系统可以自动决定跳过进一步的交叉验证重复操作。 对于所有分析,调整工作强度均设置为"广泛",但以下情况除外:BLCA、COADREAD、LGGGBM、LUSC 设置为"初步",而 GEA、HNSC、LUAD、OV、SKCM、THCA 和 UC...
Cohort英文名称中文名称 ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌 BLCA Bladder Urothelial Carcinoma 膀胱尿路上皮癌 BRCA Breast invasive carcinoma 乳腺浸润癌 CESC Cervical squamo
Cohort英文名称中文名称 ACCAdrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌 BLCABladder Urothelial Carcinoma膀胱尿路上皮癌 BRCABreast invasive carcinoma乳腺浸润癌 CESCCervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma宫颈鳞癌和腺癌 CHOLCholangiocarcinoma胆管癌 ...
点击logo下方的Projects，从左侧勾选框中找到Program，勾选TCGA，右侧找到需要的癌种BLCA，点击TCGA-BLCA超链接。关键步骤：精准下载指定项目数据 在弹出的对话框左上角处，点击Save New Cohort，输入名字，点击Save，关闭窗口。在左上角的下拉框选择刚刚保存好的project。步骤4：勾选下载数据 点击Repository...
抑癌基因的突变表现出低表达(47.6% in bottom 25% of the carrier sample’s respective cancer cohort )和杂合性丧失(LOH;38.5%),相比之下,原癌基因的突变往往伴随的是高水平表达(62% in top 25%)。通过验证在其他癌症群组和RET等位基因的实验,进一步研究这些突变的功能。 最后,发现了另外18个拷贝数缺失和...
TCGA数据库中含有的癌症名称,简写和中文名称 Cohort英文名称中文名称 ACCAdrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌 BLCABladder Urothelial Carcinoma膀胱尿路上皮癌 BRCABreast invasive carcinoma乳腺浸润癌 CESCCervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma宫颈鳞癌和腺癌 ...
lab = 5)) -> ACC_BLCA_BRCA_OV.rnaseq ACC_BLCA_BRCA_OV.rnaseq %>% select(-bcr_patient_barcode) %>% group_by(cohort, MET) %>% summarise_each(funs(median)) %>% mutate(ZNF500 = round(`ZNF500|26048`), ZNF501 = round(`ZNF501|115560`)) -> ACC_BLCA_BRCA_OV.rnaseq.medians ...
Cohort英文名称中文名称ACCAdrenocorticalcarcinoma肾上腺皮质癌BLCABladderUrothelialCarcinoma膀胱尿路上皮癌BRCABreastinvasivecarcinoma乳腺浸润癌CESCCervicalsquamouscellcarcinomaandendocervicaladenocarcinoma宫颈鳞癌和腺癌CHOLCholangiocarcinoma胆管癌COADColon
heatmapTCGA(ACC_BLCA_BRCA_OV.rnaseq.medians, "cohort", "MET", "ZNF500", title = "Heatmap of ZNF500 expression") img 细心的同学可以发现,本教程其实里面含有大量的外链,因为微信自身的限制没办法跳转,大家可以去生信技能树论坛查看,谢谢合作哦。