急性髓系白血病(AML)是一种造血克隆性恶性肿瘤。AML患者的治疗和预后取决于准确的细胞遗传学和基因检测。AML疾病状况的改善主要得益于支持疗法和造血细胞移植的进步。然而,由于高复发率,AML的5年生存率仍然很低,因此迫切需要新颖有效的治疗方法。作者从免疫治疗的角度出发,希望找到与AML的肿瘤微环境相关的具有预后价值的...
请问TCGA数据库里AML为何会是LAML，两者有何区别？因为LAML是特指TCGA项目中的急性髓系白血病样肿瘤（Acute Myeloid Leukemia-like），而不是传统意义上的急性髓系白血病（Acute Myeloid Leukemia）。这个命名方式是为了区分TCGA项目中的特定亚型。在TCGA项目中，LAML代表一组具有类似急性髓系白血病特征的肿瘤样本，这些...
急性髓系白血病(Acute myeloid leukemia,AML)属于血液系统恶性肿瘤。研究人员从TCGA中下载了229例23岁以下的患者的miRNA数据及临床数据,进行生存分析并获得了4个miRNA signature,经验证后确定4个miRNA signature可作为AML患者的prognostic biomarker。 Part3数据及方法 数据 从TCGA数据库中下载儿童和青少年AML患者(23岁以下)...
图12 AML细胞系中的LncRNA表达模式验证 总结 总之,作者开发了一种与AML患者预后显着相关的lncRNA预后模型。该模型可以准确地对患者进行分层,并帮助确定患者是否更积极地接受治疗。此外,预后模型的预测能力不受年龄和性别等临床病理因素的影响。与已知的预后生物标志物相比,所开发的模型在预测AML患者的预后方面更加方便...
English Name Abbreviation Chinese Name Acute Myeloid Leukemia AML 急性髓性白血病 Adrenocortical carcinoma ACC 肾上腺皮质癌 Bladder Urothelial Carcinoma BLCA 膀胱尿路上皮癌 Breast invasive carcinoma …
因此,通过全面的全基因组鉴定,研究者可依据发现的基因和表观遗传的改变情况,以研究出更有对性的治疗方案,从而改善AML患儿的预后情况。 3.KT项目 KT(Kidney Tumors)项目阐明了全面的分子特征,以确定高危或难以治疗的儿童期癌症起始和进展的遗传变化。 KT是一种在儿童中可治愈的罕见癌症。但是,有一些患者在治疗后,...
总体而言,我们检查了 244 名 AML 患者。患者特征见表S1 。我们采用 TCGA-LAML 患者群体作为训练队列来识别与 AML 预后相关的 PRG 特征。GSE71014 患者群体被用作外部验证队列。 预后性细胞焦亡相关基因特征的构建 我们从上述两个队列中检索了 57 个 PRG 和匹配的临床数据。使用训练队列的单变量分析,我们确定了 ...
图9 验证Vizome数据库中hub基因的表达水平 小结 利用TCGA数据库,基于ESTIMATE算法得出的免疫评分和基质评分得到了可预测AML患者预后不良的TME相关基因,并对其进行对进行功能富集分析。构建PPI网络,筛选得到TME相关的hub基因,并构建RS模型,为预测AML患者的生存状况提供了新的依据。
Genomic landscapes and clonality of de novo AML.[N Engl J Med. 2013] 纳入了 200 个clinically annotated adult cases of de novo AML 其中50人测WGS, 150人测WES 同时伴有 RNA and microRNA sequencing and DNA-methylation 数据 这些数据都可以在TCGA官网下载了https://portal.gdc.cancer.gov/projects/TC...
有很多获得以及分析TCGA数据的方法比如解螺旋教程中的RTCGAToolbox大家可以去试一试这里我推荐选用的是TCGAbiolinks,原因就是用的舒服首先大家去安装source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("TCGAbiolinks")下面想一个课题,比较一下TCGA数据库中AML(急性髓系细胞白血病)性别特异性差异表达基因翻译过来就是:...