UALCAN是一个易于使用的,交互式的门户网站,可以执行对TCGA基因表达数据的深入分析。UALCAN使用TCGA level 3 RNA-seq和31种癌症的临床数据。 UALCAN有如下功能: a)提供对公开的癌症组学数据(TCGA和MET500); b)允许用户识别生物标记物或进行电脑模拟验证的潜在基因感兴趣; c)评估基因在乳腺癌和前列腺癌分子亚型中的表...
GEPIA (Gene Expression Profiling Interactive Analysis) web服务器是2017年推出的,是基于TCGA和GTEx数据库中肿瘤和正常样本进行基因表达分析的一个资源。今天向大家介绍一下更新和增强的GEPIA2版本,提供了更高的resolution和更多的功能。 数据库介绍 GEPIA2具有198 619种isoforms(功能上相似的蛋白质,具有相似但不完全相...
下调基因GO富集 DEG表达谱提取 由于后续WGCNA的分析中仅基于DEG进行的,所以需要从全量基因中筛选中DEG所对应的表达情况。得到一个4788行基因*434个样本的表达矩阵。 degexpt <- rbind(exprset0[up,],exprset0[down,])发布于 2023-06-07 18:22・IP 属地四川 癌症 ...
数据库总结 关于GEPIA2的的应用就是这些了,中间我们在每一个分析方式当中添加了一部分少量的方法讲解。如果有检索目标,想看一下在某一个基因在 TCGA 当中的表达关系的话,利用GEPIA来进行查找还是一个快速的方法的。另外如果想要看多组学交叉分析的结果的话,这个就没办法看了,就改天给大家介绍多组学交叉分析的数...
Kaplan–Meier生存曲线文中的生存曲线是6个hub基因的表达情况与生存时间的关系,按照高低表达进行的分组。 首先,要先获得TCGA中获得了360个CRC肿瘤样本的DEG表达谱和预后数据。然后,确定了每个基因的表达中值,…
TCGA数据库的基因表达情况分析 数据内容 TGGA、GTEX数据库下载的数据内容形式如下: A:样品 B:表达水平 C:样品类型(正常组织和癌组织) D:数据源 乳腺癌的基因表达情况 以乳腺癌为例: 筛选出ATGC的乳腺癌表达情况 在PISM软件中新建柱形图图表 列标题设置为primary(癌组织)和normal(正常组) 分别复制两组的表达水平...
前面的这些文章虽然介绍了TCGA数据库的差异表达,但部分用了perl脚本,如果不懂perl的同学,数据库更新,数据格式可能会变换,运行脚本就得不到想要的结果,所以这里我们就只用R语言进行系统性的讲解,包括数据下载、整理、融合、基因ID转换以及表达差异分析,最后通过火山图进行可视化。所以你需要有一定的R基础,能看的懂代码...
03 TCGA分析页面 04 CPTAC分析页面 小编总结 UALCAN数据库提供了TCGA的基因转录组数据,允许用户识别生物标记物,评估基因在不同分子亚型中的表达,评估启动子甲基化对基因表达的表观遗传调控,并与基因表达的相关性,提供描述基因表达的图表和基于基因表达的患者生存信息等功能。UALCAN可以帮助我们识别新的诊断和治疗靶点...
基于TCGA 数据库的甲状腺癌相关miRNA 和基因表达谱的分析及临床 相关性的研究 引言: 甲状腺癌是一种常见的内分泌系统恶性肿瘤,近年来发病率不断上升。 microRNA(miRNA)和基因表达谱在甲状腺癌发生、发展过程中发挥 重要作用,因此研究甲状腺癌相关miRNA 和基因表达谱及其临床相关 ...
摘要:目的:利用TCGA数据库分析G蛋白偶联受体蛋白GPR84基因表达水平与脑胶质瘤的分级、预后等关系。方法:通过TCGA数据库分别筛选LGG与GBM信息,通过生物信息学分析将GPR84基因mRNA水平表達在脑胶质不同瘤病理分级中的表达情况,以及GPR84的表达与患者临床信息、预后的关系。结果:(1)GPR84在GBM中的表达显著高于LGG(p<0.00...