打开网址:http://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/pfam/?search=0477#table 点击进入PF04775,下载所有的Proteins序列 以上只是其中的一种方法,但为获得FBN基因家族的蛋白序列。下面使用Pfam数据中搜索 打开网页。https://pfam-legacy.xfam.org/ 搜索 进入 搜索后获得PAP_fibrillin 下载Reviewed的PF04755序列 二、同...
Tbtools 下载补链: https://pan.baidu.com/s/1ijgBHuLPSO24LB3MvSNGQQ?pwd=ejk0科技 软件应用 Mac Nnf761ll0K 发消息 关注 Nnf761ll0K 1/5 UP主的全部视频 TBtools for Mac安装常见误区 20播放 Zotero 6.0 for Mac安装常见误区 86播放 Downie 4 for Mac安装常见误区 20播放 Bartender 4 for Mac...
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将蛋白序列上传到 meme 网站 后下载输出的 xml 文件即可,但是网页版 MEME Suite 经常要排队,所以可以用 TBtools 进行本地分析: 再将输出的 xml 文件可视化: 通常我们将基因结构、domain、motif 展示在一张图上: 系统发育树 作者将拟南芥和大麦中的 SnRK2 家族基因也放在一起进行了系统发育分析,我在文章"# Genom...
eg:$ll |grep sam|awk '{print"nohup samtools view -bS "$NF" >"$NF".bam&"}'|sh 4.samtools sortabc.bam abc.bam.sort; eg: $ll |grep bam|awk '{print"nohup samtools sort "$NF" "$NF".sort&"}'|sh 5.samtools mergesort.bam sort1.bam sort2.bam sort3.bam ... ...
IRGLLTSVQDTASSVARTISSQPPLKFSLPADNAQSWLLTTYLDKDIRISRGDGGSVFVLIKEGSPLLNP mafft比对 使用mafft将序列对齐。 mafft test.fa > test.aligend.fa 我们获得对齐后的数据格式。 iqtree构建树 iqtree -s test.aligend.fa -m MFP -bnni -nt AUTO -cmax 15 -redo -bb 1000 ...
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