1、染色体长度文件:使用基因组序列数据,通过TBtools的Fasta Stats生成 2、特征标记的染色体位置信息:利用第一步得到的GFF3文件,通过TBtools的GXF Stat得到基因定位信息表,将该表纯化即可得到特征标记的染色体位置信息表 3、标记成对信息 4、特征标记的着色信息:对于关注的基因,比如一些扩张的基因家族,输入对应想要的...
输出文件前缀:genome.Window.Stat 将生成三个前缀相同的文件。他们是 genome.Window.Stat.GCratio” “genome.Window.Stat.GCskew” “genome.Window.Stat.Nratio” 之后可以在基因组骨架上添加这些信息的轨道。如下 下面是添加了genome.Window.Stat.GCratioLinePlot和genome.Window.Stat.GCskewheatmap如图 2)基因密度...
输入基因组序列文件:Arabidopsis_thaliana.genome.fna 输出文件前缀:Arabidopsis_thaliana.genome.Window.Stat 将生成三个前缀相同的文件。他们是 “Arabidopsis_thaliana.genome.Window.Stat.GCratio”, “Arabidopsis_thaliana.genome.Window.Stat.GCskew”, “Arabidopsis_thaliana.genome.Window.Stat.Nratio” 这三个输出...
首先，构建基因组骨架是基础。你需要准备组装数据和注释文件，然后通过TBtools的界面，输入必不可少的Chr长度文件（可通过FastaStats轻松生成）。此外，TBtools允许你自定义基因组特征，比如标记基因、QTLs和TADs。利用"GXFGenePosition&InfoExtract"功能，只需输入genome.gff3，就能输出详尽的基因位置信息。如果...