在进行基因组数据分析时,常常要用到基因组CDS和蛋白文件,有时候注释或下载的基因组没有蛋白文件,需提取并转换,用gffread提取时容易出问题,可能造成移码等,因此使用TBtools进行提取并转换。 Step1. 根据注释文件提取cds文件 得到的cds文件如下: step2. 将cds序列转换为蛋白序列 得到的protein文件如下: 仅供自己方便查阅...
打开序列提取界面 启动TBtools,左上角打开Sequence Toolkit(序列工具包)---GFF3/GTF Manipulate(GFF3与GTF操纵)---GXF Sequences Extract(GXF序列提取) 点击顺序 设置路径 在序列提取界面,在A/B行分别放置TBtools主目录或其子目录里的GFF3注释文件/FASTA序列信息. 注意,C行不但需要为输出结果设置路径,还需要给结果...
1.物种基因组序列文件,如 genome.fa 2.物种序列特征注释文件【或更常见的 基因结构注释信息文件】,如 genome.gff3 / genome.gtf 对于具有编程基础或熟悉 Linux 操作系统的数据分析人员,往往可以通过编写脚本或使用诸如 gffreads 等命令行工具来进行序列提取【如:所有基因的 CDS 序列】。但对于可以从数据中受益的更...
有用户使用 TBtools 提取物种的 CDS 序列,得到的文件如下 简单来说,文件前面多了一堆标识符。这类文本常常会影响下游数据分析。当然,主要出现在 NCBI 下载的 GFF 中。我第一反应是用户是否选错标签,但看到 GFF3 文件后。 还是文件问题,似乎无解。用户提议,是否可以使用 locus tag。 但这个不行,因为 locus tag...
2.3.2 提取序列 准备作物所有的蛋白序列文件(or基因文件) 目的基因的ID 打开TBtools,Fasta Extract or Filter (Qyick) 获得结果 2.4 目的同源基因motif分析 2.4.1 使用MEME进行motif预测 网址:https://meme-suite.org/meme/tools/meme 上传相关的fa文件,以及修改相关的参数,进行提交 ...
(include intron but not UTR)位置,我们用GXF sequences extract提取CDS序列,feature ID选ID而不是parent,再选“retain attributes in header”,再用sequence manipulate(rev&comp)只把ID保留下来,用excel整理,并与前面提取的基因位置文件,用Vlookup公式比对整合信息,就可以得到各个基因的信息,蛋白长度就用CDS length...
您可以使用TBtools工具进行CDS序列批量转换为蛋白序列。以下是操作步骤: 1.根据注释文件提取CDS文件。 2.将提取的CDS序列进行批量转换,可以使用Sequence Toolkit中的ORF Prediction功能,选择Batch Translate CDS to Protein进行转换。 请注意,在进行转换时,输入和输出文件路径中不能有中文,否则会报错。另外,如果用gffread...
今天主要讲它批量提取序列的功能(其他功能以后再说,你们也可以自己试试),这个软件需要在JAVA运行(选中软件,右键打开方式选择java)。 这个软件批量提取序列只需要四步: 1、输入序列文件 输入抽提ID对应序列所在的fasta文件,例如这个物种所有的cds序列的fasta文件。可以直接在下图较长方框内输入fasta文件所在路径和文件名,...
从某一条序列中预测全长ORF 批量从一个数据集合中预测最长全长ORF CDS序列批量转换为蛋白序列 TBtools是一个Gff3/GTF基因结构注释文件操作工具? 基于GFF/GTF文件,从基因组提取序列 批量修改基因和染色体ID,使不同物种的合并分析不会有ID冲突 提取所有基因信息 ...
得到pineapple_rice.collinearity文件 然后 mutiple synteney plotter mutiple synteney plotter 新建一个multiple文件夹 接下来在做菠萝和香蕉的比对 步骤按上面 提取cds,pro(考虑可变剪切,可以选择最大长度可变剪切序列),然后互相比对得到blast结果 上面个gff和blast结果分别merge,就可以比对了...