TBtools中 Gene Structure View (Advanced), 共输入4个文件,从上到下,第一个进化树的.nwk格式文件,第二个MEME结果文件.xml格式,第三个基因组注释文件。gff格式,第四个Batch-CDD结果文件(这个需要手动修改,第一列基因名,第二列,起始位置,第三列终止位置,第四列蛋白质结构域)。 这样基因家族进行分析,进化树、M...
当时我的想法是用其他的方法建树,比如说linux中的程序包,IQ-TREE,FastTree,RaxML之类的,后来也是懒,想着试一下tbtools的建树,就找到One Step Build a ML Tree和IQ-Tree Wrapper。其中One Step Build a ML Tree更简单。 最后就跑出来了。 步骤如下: 1.搜索One Step Build a ML Tree 2.插入fasta序列或者txt...
因为早前的 GPT-4o 我测试过了,自动开发 pheatmap ShinyApp 完全没问题,但是类似 ggtree Shiny 可视化进化树,则很难完成。 好吧,那就试试 o1-preview。 pheatmap ShinyApp Emmm,整体的 prompt 对话方法,参考前述的《参考 | TBtools插件开发相关GPT prompts 优化》。这里直接展示效果 我必须说的就是,真的强。...
基因结构分析则通过TBtools的Visualize Gene Structure插件完成，需要输入基因组注释的GFF文件和P450基因名，从而生成详细的基因结构图。最后，基因家族的进化分析通过MEGA构建进化树，输入目标物种P450基因家族的蛋白质序列，进行多序列比对，然后使用最大似然法构建进化树。所有结果在TBtools中展示，包括进化树、M...
基因家族分析的论文中通常会把基因家族成员的进化树、基因结构、motif分析放在一张图里。效果如图一。准备这个图 除了把各部分画出来再使用ps将图片拼接起来以外,还可以用TBtools直接绘制这种效果的图片。其实绘制方法并不难,对于小白来说不友好的是准备绘图所需要的文件,本文旨在帮助像我一样刚入门的生信小白解决如...
用tbtools基因家族分析《一》 ;Fasta Extract or Filter"功能来提取上述候选基因的蛋白序列, 第一个红框为水稻基因组的蛋白序列,第二个为输出的文件名,第三个就是我们的上一步得到的候选基因ID; 候选基因的保守结构域确定 利用网站NCBI CD search来预测候选基因的保守结构域; 根据结果来筛选候选基因,比如我们挑选...
#1打开tbtools软件 #2我们的目的是热图的可视化,那我们就需要点击 Graphics—Heatmap IIIustrator—Heatmap。 #3上述操作完成后,我们就需要导入数据了。请往下看 表达量文件的数据可直接在1处进行粘贴或者直接点击2处导入表达量文件文件。树文件可再3(行名对应的树文件)或者4(列名对应的树文件)处直接进行粘贴。数据...
一直以来,TBtools 缺少一个相对独立的「进化树」可视化功能。事实上,我很久以前就写过一个 TreeTreeTree,当然,这个功能可以做相对复杂的进化树和数值矩阵联合可视化,但是并不太实用。另外,市面上进化树可视化的软件实在太多了,也有非常多优秀的软件和工具。
在尝试使用mega11构建系统发生树后遇到运行闪退问题，我决定探索其他建树方法。考虑到效率和简便性，我选择尝试TBtools中的One Step Build a ML Tree和IQ-Tree Wrapper。其中，One Step Build a ML Tree因其简易操作更符合我当时的需要。在开始实际操作前，我首先通过搜索功能找到了One Step Build a ML...
四五年前,我写了一个叫 「TreeTreeTree」的功能,后续绘制了一些文稿中的图片后,基本我也没这么用。主要原因后很多,但我觉得这是一个非常失败的功能。前几天看到有一些公司技术在公开分享中用了 TBtools 的 掰弯热图 功能,其中掰弯后,说进化树位置会有问题,要点击一下