这里以TBtools为例进行说明: 整体流程如下～ 用到Advanced Circos 模块 需要准备的文件如下: 染色体长度文件: 用到fasta stat 模块, 将基因组的文件输入进去,输出整个染色体长度的文件;提取染色体的长度信息,保存为文本文件,ChrLen.txt ( Advanced Circos 模块 需要的文件1) 基因组内的共线性:
要用到作图物种基因组的fa文件和gff3文件,可以从ncbi下载, 视频播放量 1452、弹幕量 0、点赞数 10、投硬币枚数 4、收藏人数 45、转发人数 11, 视频作者 外星盒子猫, 作者简介 ,相关视频:R语言达到这个强度,你的生信分析就稳了,做生信分析用到的R语言完整代码,全部分享
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同源基因是来自一个共同个祖先DNA序列的genes。不同物种中的同源基因指的是直系同源基因（rotholog genes...
TBtools做共线性分析时出现报错：找不到对应的blast文件是出现什么问题？想知道加一
大家的TBtools共线性分析显示吗? | 有没有人共线性分析放入高亮基因,高亮基因不显示的呀?已经保证CTL,GFF,COLL文件是好着的了,下一步可以跑出灰色的线,放入高亮基因就是不显示呜呜呜 发布于 2023-04-15 09:13・IP 属地宁夏 赞同1 分享收藏 ...
大致的步骤就是这样,但是我们要看特定基因的共线性,那么只需要将circle gene view中的set input gene ID list改改成特定的gene文本就行 但是我们得到的gene list是这样的,这个gene list就是要看这些特定基因的共线性 gene1.png 但是links文件中是这样的 ...
首先说明,为了保证快速出图,只用拟南芥的三条染色体做一下共线性。大家做不同基因组之间的比对时,也是同理。 1)先来看我们今天要用到的TBtools的功能 首先,使用 OneStep 功能分析基因 2)需要准备的数据文件 物种1 -*基因组*序列文件(这里注意,是基因组文件,就是Chr1,blabla,Chr2,blabla这样的文件,.fa) + 基...
8.共线性分析(上) 候鸟指北 1.8万0 57:57 基因组区域共线性分析神器!Genome RegionCompare Advanced 生信石头 #Tbtools基因家族分析番外篇#进化树与Motif,Doamin,Gene structure一起展示 无Ct和没条带 14:39 【ChiPlot】Top期刊学绘图——多物种基因组共线性图 ...
我想请教一下,两个物种共线性分析,可以在Ctl文件中修改染色体的排列顺序和删除碎片,我想问一下可不可以修改染色体的名称,然后在gff文件和collinearity文件中也对应修改染色体名称。我修改完之后就出不了图了,有点不清楚是我修改的文件有问题,还是不能这样修改,只能出图之后AI修改 ...