TargetScan数据库的目的是通过整合大量的生物信息学数据和计算模型,为研究人员提供准确、全面的miRNA靶向预测结果。 首先,TargetScan数据库使用了广泛的miRNA识别剂,并采用了计算预测模型,基于不同miRNA的序列和结构特征来预测miRNA与mRNA之间的相互作用。这种计算模型在多个物种中被广泛应用,包括人类、小鼠、果蝇和植物
高度可靠的预测算法:TargetScan数据库使用了一种基于保守性的预测算法,该算法结合了多种生物信息学方法,包括序列比对、序列特征分析和基因组学数据的整合等,从而提高了预测准确性。 广泛的物种覆盖:TargetScan数据库覆盖了多种物种,包括人类、小鼠、果蝇、线虫等,可以用于不同物种的基因调控研究。 提供多种靶基因预测模式...
TargetScan是一款预测miRNA结合位点的软件,对于哺乳动物中miRNA结合位点预测的效果非常好。在预测miRNA靶基因之前,首先需要确定转录本的3’UTR区域,TargetScan数据库通过一种名为3P-seq的测序技术,确定转录本对应的3’UTR区(哺乳动物中的miRNA通过结合转录本序列的3’UTR区,从而发挥转录后调控作用),并且结合该技术的分析...
人: TargetScanHuman 小鼠:TargetScanMouse 果蝇:TargetScanFly 线虫:TargetScanWorm 斑马鱼 : TargetScanFish 以human 为例,进行说明,网址如下: http://www.targetscan.org/vert_71/ 最新版本为release 7.1, 2016年6月更新,在该数据库中,提供了多种哺乳动物的miRNA 靶基因预测结果: 1)Human : 人 2) Mouse : 小...
本文将深入解析TargetScan数据库的使用方法,帮助读者更好地理解和应用这一工具。 二、什么是TargetScan数据库? TargetScan数据库是一个用于预测miRNA靶基因的工具,通过对miRNA与靶基因的结合情况进行深入分析,预测哪些基因可能是miRNA的靶标。这对于我们理解miRNA参与的生物学过程,以及在疾病发生发展中的作用具有重要意义。
TargetScan是一款专门用于预测miRNA结合位点的软件，对于哺乳动物中miRNA结合位点的预测效果极为出色。为了进行miRNA靶基因预测，首先需要确定转录本的3’UTR区域，TargetScan数据库通过一种名为3P-seq的测序技术，来确定转录本对应的3’UTR区。此技术结合分析结果和NCBI中已有的3’UTR注释，提供了一个综合的3...
TargetScan数据库将miRNA分为不同的家族,这些家族成员具有相似的种子序列,因此可能具有相似的靶标基因。通过分析miRNA家族,研究人员可以更全面地理解miRNA的功能和调控网络。 3. 靶标基因功能注释 TargetScan数据库不仅提供miRNA与靶标基因的预测结果,还提供了靶标基因的功能注释。这些注释信息包括基因的功能分类、参与的生...
http://www.targetscan.org/vert_71/ 最新版本为release 7.1, 2016年6月更新,在该数据库中,提供了多种哺乳动物的miRNA 靶基因预测结果: 1)Human : 人 2) Mouse : 小鼠 3) Rat : 大鼠 4) Cow : 牛 5) Dog : 狗 6) Chicken : 鸡 7) Frog : 青蛙 ...
TargetScan数据库使⽤ 根据不同的代表物种，分成以下⼏个⼦数据库 1. TargetScanHuman 2. TargetScanMouse 3. TargetScanFly 4. TargetScanWorm 5. TargetScanFish 下⾯我们开始介绍该数据库的使⽤ 除了TargetScan数据库以外，miRNA靶基因预测数据库还有miRWalk, miRMap, MicroT4, miRNAMap, TargetScan PICTAR2,...
http://www.targetscan.org/vert_71/ 最新版本为release 7.1, 2016年6月更新,在该数据库中,提供了多种哺乳动物的miRNA 靶基因预测结果: 1)Human : 人 2) Mouse : 小鼠 3) Rat : 大鼠 4) Cow : 牛 5) Dog : 狗 6) Chicken : 鸡 7) Frog : 青蛙 ...