CUT&Tag是蛋白-DNA互作的一大革新技术,它不需要使用甲醛交联以及免疫共沉淀,而是通过针对靶蛋白(如转录因子、染色质重塑蛋白)的抗体和Protein A的介导,使得与Protein A融合的Tn5酶(Tagmentase)在切割DNA片段的同时在序列两端加上测序接头,经PCR扩增后形成可以直接用于高通量测序的文库(具体参考图1)。使用CUT&Tag,可以...
这种特性显著提高了scNanoSeq-CUT&Tag技术对染色质修饰的捕获效率,特别是对于异染色质区域富集的修饰信号表现出更优越的检测能力(图1)。 图1:二代短读段CUT&Tag技术和单分子长读段scNanoSeq-CUT&Tag技术中Tn5切割和染色质修饰标记捕获示意图(Credit:Nature Methods) 该研究从六个方面对scNanoSeq-CUT&Tag技术的...
与以往的ChIP-Seq、pA-MNase等方法相比,CUT&Tag技术方法简便易行,信噪比高,重复性好,需要的细胞数量少至60个细胞,且有望将ChIP-Seq做到单细胞水平。 9.jpeg CUT&Tag技术的基本原理为:在抗体引导下,ChiTag酶仅在目的组蛋白修饰标志、转录因子或染色质调控蛋白结合染色质的局部进行目的DNA的片段化,同时添加测序接头...
与以往的 ChIP-Seq、pA-MNase 等方法相比,该方法简便易行,信噪比高,重复性好,需要的细胞数量少至 60 个细胞,且有望将 ChIP-Seq 做到单细胞水平,再一次展现了创新技术方法的威力。 早在去年 5 月,中国本土公司近岸蛋白质(NOVOPROTEIN)便公开了该方法替代 ChIP...
CUT&Tag技术是一种新兴的DNA-蛋白质互作研究方法,是用来取代传统的ChIP-seq技术来探索组蛋白修饰区域、转录因子结合状态以及全基因组范围内DNA-蛋白质互作情况。2019年7月近岸蛋白质(Novoprotein)开发出CUT&Tag试剂盒,仅仅一个试剂盒就可以完成从靶蛋白结合DNA片段的获取到测序文库的构建。经过不断的创新优化,CUT&Tag...
CUT&Tag全称Cleavage Under Target & Tagmentation,翻译为靶向剪切及转座酶技术,是一种研究蛋白-DNA互作的技术,替代传统的ChIP-seq方法。开头介绍ATAC-seq和CUT&Tag非常相似,原因就在于CUT&Tag也用Tn5转座酶,只不过这个酶是Protein A/G融合的Tn5转座酶。当然,两者研究内容还是不一样的,下面详细说一下。
与以往的ChIP-Seq、pA-MNase等方法相比,CUT&Tag技术方法简便易行,信噪比高,重复性好,需要的细胞数量少至60个细胞,且有望将ChIP-Seq做到单细胞水平,再一次展现了创新技术方法的潜力。早在2018年5月,中国本土公司近岸蛋白质(NOVOPROTEIN)便公开了该方法替代ChIP-Seq的可能性与核心原料ChiTagTM酶(一种Protein A与Tn5...
一、CUT&Tag技术发展历程 ChIP-Seq (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing) 因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况,因而成为一直以来研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性:需要大量细胞投入(106-107),甲醛交联易导致假阳性或假阴性,对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性...
CUT&Tag技术是一种新兴的DNA-蛋白质互作研究方法,有望取代传统的ChIP-seq技术,探索组蛋白修饰区域、转录因子结合状态以及全基因组范围内DNA-蛋白质互作情况。其以操作简单(无需免疫共沉淀和超声破碎)、细胞起始量低(低至60个细胞)、...