为满足广大学者的科研需求,贝纳基因推出“单倍型T2T基因组(Haplotype-resolved T2T genome)”全套解决方案。 1.Haplotype-resolved T2T genome测序方案 2.Haplotype-resolved T2T genome分型组装方案 在Haplotype-resolved T2T genome组装过程中...
发表题目:Haplotype-resolved T2T genome assemblies and pangenome graph of pear reveal diverse patterns of allele-specific expression and the genomic basis of fruit quality traits 发表期刊:Plant Communications 二、摘要 杂交作物通常表现出增加的产量和更大的韧性,然而,杂交优势或杂种优势背后的基因组机制仍然不...
2024年3月7日,Horticulture Research在线发表了题为“Two haplotype-resolved T2T reference genomes forZiziphus jujuba and Z. jujubavar. spinosaprovide new insights into the domestication of jujube”的研究成果。西北农林科技大学黄建研究员和新疆农业科学院郝庆研究员为本文联合通讯作者,西北农林科技大学国家林业局...
Haplotype-resolved T2T genome评估方案 为评估基因组的分型组装准确性,组装完成需进行全面的组装质量评估(单倍型拆分准确性),包含subphaser验证、单倍型基因组分型准确性评估(switch error)、BUSCO完整性评估、单倍型基因组间共线性评估,通过灵活可调整的组装方式和完善的评估流程,进行单倍型基因组的研究。 贝纳基因单倍型...
贝纳基因单倍型基因组分析技术路线示意图 Haplotype-resolved T2T genome产品特点 (1)多种分型、验证方法,提高分型准确性; (2)T2T组装策略,保证基因组完整性和连续性; (3)有助于全面描述多倍体或高杂合基因组的单倍型特征,全面解析基因组中等位基因变异,提高相关生物学功能下游分析的准确性,推进精准育种。
2024年2月,Horticulture Research在线发表了成都中医药大学本草基因组学研究院合作完成的题为“A haplotype-resolved gap-free genome assembly provides novel insight into monoterpenoid diversification in Mentha suaveolens ‘Variegata’”的研究...
1. 单倍型T2T基因组组装 基因组组装:作者采用‘Baltico’的新鲜叶片进行了4种测序,将ul ONT、HiFi、和Hi-C数据投入到hifiasm这个软件中进行初步的组装。删除细胞器基因组和一些可能存在的污染情况。用3D-DNA和 JUICER借助hi-c数据将基因组挂载到染色体水平,之后发现两个单倍型分别存在14个gaps,然后用ONT测序数据对目...
近日,沈阳农业大学草莓研究团队在国际知名学术期刊《Plant Biotechnology Journal》在线发表了题为 “A telomere-to-telomere haplotype-resolved genome of white-fruited strawberry reveals the complexity of fruit color formation of cultivated strawberry” 的研究论文.该研究组装了包括56条染色体序列的八倍体栽培草莓...
2024年3月7日,Horticulture Research在线发表了题为“Two haplotype-resolved T2T reference genomes forZiziphus jujuba and Z. jujubavar. spinosaprovide new insights into the domestication of jujube”的研究成果。西北农林科技大学黄建研究员和新疆农业科学院郝庆研究员为本文联合通讯作者,西北农林科技大学国家林业局...
近日,中国农业科学院作物科学研究所野生稻种质资源保护与利用课题组杨庆文研究员、乔卫华研究员,与北京大学现代农业研究院何航研究员课题组合作,在国际权威期刊Nature Communications(影响因子16.6,中科院一区Top)发表了题为“Haplotype-resolved gapless genome assembly and chromosome segment substitution lines facilitated ...