(1)利用Swiss-model网站在线对目的序列三级结构进行预测,提交后,下载生成的pdb文件。利用PDB数据库(http://www.rcsb.org/)下载同源序列的pdb文件。PDB数据库:点击Sequences,在新页面右侧粘贴同源蛋白的氨基酸序列。根据相似度结果下载得到pdb格式的同源序列结构文件。 (2)Pymol软件打开预测后的目的序列的pdb文件。点击...
SWISS-MODEL的官网地址:https://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html。蛋白质组学分析,包括蛋白质一级结构,二级结构,三级结构,亲疏水性,磷酸化位点,理化性质以及蛋白互作分析等。如果需要基因家族分析,转录组学分析,蛋白质组学分析,可将需求及分析对象发送至
利用同源建模预测蛋白质的三级结构首先声明一下,以下纯属个人观点,方法步骤仅供参考,不可作为规范标准, 结果出来之后请自行分析结果。我用的是SWISSMODE同源建模的方法进行的蛋白质高级结构预测,其实 这个方法是有限制条件的,不过作为一个选
QMEAN4:区间-4-0,越接近0,评估待测蛋白与模板蛋白的匹配度越好。 如果swissmodel预测结果不可用或评分不好,用iTASSER重新预测。 2.折叠识别(穿线法) 网站:iTASSER 原理:不相似的氨基酸序列也可以对应着相似的蛋白质结构。 补充说明:已知的蛋白质结构有十几万个,但其所具有的不同的结构拓扑只有1393个,也就是说...
SWISS-MODEL是一款用同源建模法预测蛋白质三级结构的全自动在线软件。SWISS-MODEL中一共有三个工作方式:First Approach mode:Alignment Interface mode:Project(Optimise)mode: 预测效果(使用范围) 如果目标序列与模板序列一致度极高,那么同源建模法是最准确的方法。
利用同源建模预测蛋白质的三级结构首先声明一下,以下纯属个人观点,方法步骤仅供参考,不可作为规范标准,结果出来之后请自行分析结果。我用的是SWISS-MODEL同源建模的方法进行的蛋白质高级结构预测,其实这个方法是有限制条件的,不过作为一个选修课作业,我们不用深入探究,所以有时不够严谨,大家知道就行!首先,同源建模的...
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SWISS-MODEL是常用的蛋白二级结构预测在线工具,我们只需上传蛋白序列就可以预测得到蛋白的3D结构。 当然,SWISS-MODEL也可以对蛋白的3D结构进行可视化,除了选择不同的着色方案,也可以选择不同的结构模型样式,比如Cartoon、Tube、Trace、Lines、Ball+Stick等,例如选择Cartoon后的渲染效果如下。
利用同源建模预测蛋白质的三级结构 首先声明一下,以下纯属个人观点,方法步骤仅供参考,不可作为规范标准,结果出来之后请自行分析结果。 我用的是 SWISS-MODEL 同源建模的方法进行的蛋白质高级结构预测,其实这个方法是有限制条件的,不过作为一个选修课作业,我们不用深入探究,所以有时不够严谨,大家知道就行! 首先,同源...