方法如下:1、访问Swiss-Model官网,提交蛋白质分子的序列,选择合适的模板,并进行建模。2、在qualityassessment页面,点击ledstructure选项卡,找到Ramachandranplot。3、Ramachandranplot会显示氨基酸残基的二面角分布,X轴和Y轴分别代表phi和psi二面角。4、红线表示四面体角区域,绿线表示左扭区域,黄线表示右扭...
预测步骤包括:访问SWISS-MODEL网站并启动建模功能;输入氨基酸序列;填写项目标题和邮箱(选填);开始模型构建;等待数分钟至数小时直到模型构建完成;得到预测的蛋白三维结构。预测结果的解读涉及到质量评估:GMQE值(全球性模型质量估测)与QMEAN值是评价同源建模结果的关键指标。GMQE值在0至1之间,数值越接...
1)打开SWISS-MODEL官网,点击Start Modelling;2)将我们准备好的氨基酸序列粘贴进指定窗口,序列自动识...
3.提交到uclq-doe进行检测,Procheck 得的Ramachandran 94.4%在最适区,5.6%较适区能看懂,其他的...
1. 3D Structure model (1)利用Swiss-model网站在线对目的序列三级结构进行预测,提交后,下载生成的...
结果页面解读: (1)首先看搜到的模板与你的序列一致度是否>30%,如果不大于,要发英文文章此结果就应放弃,用iTASSER重新预测。如果只是看看,发中文或放进毕业论文,20%以上也可继续做。 (2)如果可用,再看swissmodel自带的评分高低。 GMQE :可信度范围为 0-1,值越大表明质量越好 ...
各位前辈,我把氨基酸序列输到网页后,我点击的是“Automated Mode”,然后粘贴序列,提交以后,结果中...
选中三个活性位点,调整背景色,突出活性位点,添加标签。保存图片或复制至word文档。进行同源蛋白结构比对,调整背景颜色、突出活性位点。分析盐桥数量,使用ESBRI或VMD软件。在线提交序列,使用PIC网站分析氢键、Cation-pi、Aromatic、Hydrophobic相互作用。保存结果至excel表格。构建发育树,添加文本框对比蛋白分类...
1、可靠性:Swiss-Model是经过广泛验证和评估的蛋白质模型预测软件。基于多种算法和技术,包括比对、模拟和评估等,能够提供准确可靠的蛋白质结构预测结果。这一些算法和技术已经在许多研究中得到验证,并被科学界广泛接受。2、应用广泛:Swiss-Model在结构生物学和蛋白质研究领域有着广泛的应用。可以帮助科研...