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Super enhance,SE,即超级增强子,是一类具有超强转录激活特性的DNA顺式调控元件,该概念由Whitehead Institute for Biomedical Research的学者Richard A. Young 于2013年首次提出,并曾预言“超级增强子具有广阔的研发前景和价值,必将成为下一个药物研发的黄金靶点!” 与普通增强子(Typical enhancer, TE)相比,超级增强子具有如...
1.1. 增强子(Enhancer) 所谓增强子(Enhancer),位于结构基因附近,是一类非编码DNA顺式作用元件,在真核生物的发育过程中通过结合转录因子、辅因子以及染色质复合物作用于启动子,可以激活或增强基因的转录。简单说:增强子是能够增加启动子活性从而增加基因转录频率的DNA序列。 图1. 增强子及复合物结构示例图 ...
超级增强子(Super enhancer, SE)是一种特殊类型的增强子,可以理解为是由多个增强子组成的一个大的增强子簇。特点:近年来研究发现,超级增强子在癌症发生、细胞分化、免疫应答等重要生物学过程中发挥着重要调控功能,有潜力成为理想的抗癌靶点。优势:已发表文章少,易发文,国自热热点方向、创新性高、延续性强。推荐方向:肿...
“super-enhancer omics”. Super-enhancer omics is integrated and inextricably interacted with the “Pan-omics” through the major roles of transcriptional regulation (Fig.1). SEs facilitate the transcriptional regulation on mRNA and other noncoding RNA, such as eRNA, seRNA and lncRNA. Epigenomics ...
superenhancer的分析1.3. SEs鉴定 超级增强子(SEs, Super-enhancers )鉴定分析:可以找到影响转录水平异常增加的一系列表观水平的相互作用区域 SEs鉴定能给出什么信息? SEs的定义,分析意义,分析方法等简介目录浏览1 . ChIP-seq 1.1. ChIP-seq可以告诉我们什么信息 1.2. TF-chip与Histonechip 1.3. superenhancer...
共挖掘到34个enhancer(eRNA)-转录因子-靶基因关系对,并对此建立eRNA参与的转录调控网络。又利用CTCF CHIP-seq数据与enhancer(eRNA)- 转录因子-靶基因关系对整合,预测出部分CTCF介导的调控机制。本文通过一系列数据挖掘为eRNA和SE-lncRNA在前列腺癌分子机制中的作用奠定基础并预测出潜在调控方向,同时也为发展前列腺癌的...
一、先说一下rose( RANK ORDERING OF SUPER-ENHANCERS) 定义一下super enhancer(SE),https://en.wikipedia.org/wiki/Super-enhancer,通用H3K27ac的chip-seq macs2出来的bed,通过rose筛选出来的enhancer_withsuper.bed。 安装方法如下: 点击查看安装方法介绍—1。
Mi et al. report a super-enhancer signature in autosomal dominant polycystic kidney disease that regulates metabolic reprogramming during cystogenesis and controls cyst growth.doi:10.1038/s42255-020-0227-4Zeyun MiYandong SongXinyi CaoYi LuYupeng Chen...
ROSE是大名鼎鼎的Richard A.Young实验室开发的,全称是RANK ORDERING OF SUPER ENHANCERS,用来找增强子和超级增强子。 ROSE安装 ROSE是一个python包,代码放在Github上(https://github.com/stjude/ROSE),直接下载压缩包就可以了。 wget https://github.com/stjude/ROSE/archive/refs/heads/master.zip unzip master.zi...