这篇文献使用的单细胞技术是STRT-seq,可以参考:单细胞转录组技术简史。 1. Human hematopoietic transcriptome reference Fig 1a:作者对21个正常人的外周血和骨髓进行了流式分选,得到了32个细胞类型,使用STRT-seq进行了单细胞测序。 Fig 1b:32种(7类)细胞的基因数 Fig 1c:和已发表的10x数据集相比,STRT-seq...
smart-seq2是按read计数,这里由于添加了UMI,是按molecule计数,也就是说,UMI的加入,确实减少了PCR扩增的偏差影响 另外图中看到,这里STRT-seq的spike-in方差一直要比内源基因的方差小,也就是说内源基因的变化幅度一直保持高位,体现了数据中包含多种细胞类型而导致的异质性,异质性导致了基因表达极度不均衡 6 降维 ...
基于Illumina MiSeq FGx ~(TM)平台对上述二级亲缘关系对内包含的所有样本进行测序及测序数据分析,对样本覆盖深度(Depth of coverage of sample,Do C of sample),基因座平均覆盖深度(Depth of coverage of locus,Do C of locus),基因座序列构成比和等位基因覆盖度比(allele coverage ratio,ACR)等参数进行质量评估...