默认值是1-G<ref_ann.gff>#使用参考注释基因文件指导组装过程,格式GTF/GFF3。输出文件中既包含已知表达的转录本,也包含新的转录本。选项-B,-b,-e,-C需要此选项(详情如下)-l<label>#将<label>设置为输出转录本名称的前缀。默认:STRG-A<gene_abund.tab>#输出基因丰度的文件(制表符分隔格式)-C<cov_r
如果StringTie使用-A <gene_abund.tab>选项运行，则返回包含基因丰度的文件。如果StringTie与 -C <cov_refs.gtf> 选项一起运行（需要选项-G 如果StringTie与 -B 选项一起运行，它将返回Ballgown输入文件，包含以下文件：(1) e2t.ctab, (2) e_data.ctab, (3) i2t.ctab, (4) i_data.ctab...
目前这个字段没有被使用,并且如果转录本 与a read alignment bundle 有连接,则StringTie输出常数值1000。 strand: 正向链:'+';反向链:'-'. frame: CDS特征的 Frame or phase 。StringTie不使用该字段,只记录一个“.”。 attributes: gene_id: A unique identifier for a single gene and its child transcript...
-p <int> # 指定组装转录本的线程数(CPU),默认值是1 -G <ref_ann.gff> # 使用参考注释基因文件指导组装过程,格式GTF/GFF3 -l <label> # 将<label>设置为输出转录本名称的前缀。默认:STRG -A <gene_abund.tab> # 输出基因丰度的文件(制表符分隔格式) -C <cov_refs.gtf> # 输出所有转录本对应的r...
stringtie -B -e -G [reference.gtf] -A [matrix.tab] -o [expr.gtf] StringTie的进阶应用 除了基本的基因表达估计,StringTie还可以用于: 融合基因检测:StringTie可以帮助你发现基因融合事件,有助于癌症研究等领域。 可视化:结合可视化工具,如IGV,你可以更清晰地查看StringTie的结果。
stringtie -e -B -p 4 wt_Rep2.sorted.bam -G stringtie_merged.gtf -o athaliana_wt_Rep2/athaliana_wt_Rep2.count -A athaliana_wt_Rep2/wt_Rep2_gene_abun.out stringtie -e -B -p 4 wt_Rep3.sorted.bam -G stringtie_merged.gtf -o athaliana_wt_Rep3/athaliana_wt_Rep3.count -A a...
stringtie -p18-G Homo_sapiens.GRCh38.89.protein_coding.gtf-B-e -o Ctrl-1.gtf-ACtrl-1_abundance.txt-l Ctrl-1Ctrl-1.bam 使用的参数说明 -p 设置运行的线程数-G 设置GTF基因组注释文件-B 在GTF的输出目录下输出ballgown table文件,用于使用ballgown table进行差异表达分析-e 只对参考转录本进行丰度的...
Second, build a HISAT2 index: $ hisat2-build --ss genome.ss --exon genome.exon genome.fagenome 备注extract_splice_sites.py 和 extract_exons.py 在hisat2软件包中涵盖了,这两步不是必须的,只是为了发现剪切位点,也可以直接: $ hisat2-buildgenome.fagenome ...
1.获取基因表达矩阵:使用`StringTie`生成表达矩阵,这通常是通过以下命令完成: ```bash stringtie input_bam_file -G gene_ -o output_directory ``` 这将生成一个名为`output_directory/`的表达矩阵文件,其中包含了每个基因的表达量信息。 2.读取表达矩阵文件:读取生成的表达矩阵文件,例如使用Python的Pandas库: ...
2.4 stringtie merge结果:https://erp.novelbio.com/NBCWebApp/task_getTaskResultPage?taskId=574ceaef60b2f463a158f41e 2.5 cuffmerge 文件结果路径:https://erp.novelbio.com/NBCWebApp/task_getTaskResultPage?taskId=5743f3d17882a7d889085d1d