STRING数据库是一个基于公共数据库和文献信息的蛋白质相互作用网络数据库。它收集了多个公共数据库,包括UniProt、KEGG、NCBI和Gene Ontology等,整合了这些数据并生成一个全面的蛋白质相互作用网络数据库。 STRING数据库不仅提供了蛋白质相互作用网络的可视化,还能够提供蛋白质家族、途径和亚细胞定位等信息。 除此之外,STRIN...
随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能的潜在相互作用,并构建了蛋白质相互作用网络表示出来,目的是描述这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、靶向调节等,最终阐述生物体中有意义的分子调节网络。 相关文献来源图片,STRING的蛋白质相互作用网络 目前,STRING数据库收录了超过...
STRING数据库是一个常用的蛋白质-蛋白质互作(PPI)数据库,但它只包含了一部分已知的生物物种。 如果你的目标物种(如蓝莓)不在STRING中,你可以尝试以下方法来绘制蛋白质相互作用网络图: 1.基于同源性的预测: 如果某些与蓝莓相近的物种在STRING或其他数据库中有已知的蛋白质相互作用信息,你可以使用这些信息来预测蓝莓...
STRING数据库整合了多种实验和计算方法生成的PPI数据,提供了更全面的PPI网络信息。 PPI网络分析通常包括网络图的构建和网络特性的分析。网络图由节点和边组成,其中节点代表蛋白质,边表示蛋白质之间的相互作用。网络构建可以基于已知的实验数据或计算机预测结果。网络特性分析包括节点度数、网络连通性、模块化等指标的计算...
在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可...
研究蛋白之间的相互作用网络,有助于挖掘核心的调控基因,目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库,而string绝对是其中覆盖的物种最多,相互作用信息做大的一个,网址如下 https://string-db.org/ 该数据库的最新版本为version 10.5, 更新于2017年5月14号,存储了2031个物种,9643763种蛋白,共1380838440个相互作用的信息...
STRING数据库是蛋白质相互作用分析的强大工具，网址为string-db.org。打开数据库主页，左侧提供输入选项，能根据您感兴趣的目标蛋白名称或序列进行搜索。以EGFR蛋白为例，输入后选择数据来源为人，点击搜索。搜索后，将进入结果界面。点击继续，显示与EGFR存在相互作用的蛋白网络。网络下方有多种选项，包括查看...
今天给大家介绍一个强大的蛋白质相互作用分析数据库——STRING(STRING: functional protein association networks (http://string-db.org)) 首先打开数据库,会显示出主页如图所示。左侧有输入选项,可以根据你感兴趣单个或多个蛋白的名字,序列去搜索。以蛋白名字为例,输入EGFR蛋白,并且选择数据来源为人。然后点击search搜...
STRING数据库简介STRING（Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins）是一个在线的生物信息学数据库，旨在提供基因和蛋白质相互作用的信息。该数据库整合了多种数据来源，包括实验室实验、文献报道和计算预测，以提供全面的相互作用网络。STRING数据库还提供了许多工具和功能，例如基因和蛋白质注释、...
(sequence-signatures)在不同对的相互作用蛋白中重复地出现，这一现象被称作序列信号关联。利用序列域信号关联作为相互作用蛋白质的识别指示，可以预测未知功能蛋白与已知蛋白的相互作用，减少直接实验的搜索空间。7) 保守的蛋白间相互作用 相互作用的蛋白质在物种演化过程中具有保守性，因此，可以通过在一个...