STCellbin的过程包括图像拼接、图像配准、细胞分割和分子标记。STCellbin输入包括Stereo-seq空间基因表达数据,以及细胞核和细胞膜/细胞壁染色图像块。采用MFWS算法获得缝合后的细胞核和细胞膜/细胞壁染色图像。使用快速傅里叶变换(FFT)算法对这两幅拼接的染色图像进行配准。空间基因表达数据被转换成地图,然后与基于“轨...
STCellbin输入包括Stereo-seq空间基因表达数据,以及细胞核和细胞膜/细胞壁染色图像块。采用MFWS算法获得缝合后的细胞核和细胞膜/细胞壁染色图像。使用快速傅里叶变换(FFT)算法对这两幅拼接的染色图像进行配准。空间基因表达数据被转换成地图,然后与基于“轨迹线”信息的缝合细胞核染色图像进行分析。从而实现基因表达图谱...
然而,空间转录组学的最新进展通过Stereo-seq、Seq-Scope、Open-ST和Nova-ST等定序方法提供了纳米分辨率的全转录组图谱。这些高分辨率技术提供了独特的优势,例如在亚细胞水平上解析转录组全表达的能力,在某些情况下在亚微米范围内。 目前的分析挑战:高分辨率方法产生的数据量巨大,需要强大且可扩展的计算工具进行高效的数...
STCellbin输入包括Stereo-seq空间基因表达数据,以及细胞核和细胞膜/细胞壁染色图像块。采用MFWS算法获得缝合后的细胞核和细胞膜/细胞壁染色图像。使用快速傅里叶变换(FFT)算法对这两幅拼接的染色图像进行配准。空间基因表达数据被转换成地图,然后与基于“轨迹线”信息的缝合细胞核染色图像进行分析。从而实现基因表达图谱...
然而,空间转录组学的最新进展通过Stereo-seq、Seq-Scope、Open-ST和Nova-ST等定序方法提供了纳米分辨率的全转录组图谱。这些高分辨率技术提供了独特的优势,例如在亚细胞水平上解析转录组全表达的能力,在某些情况下在亚微米范围内。 目前的分析挑战:高分辨率方法产生的数据量巨大,需要强大且可扩展的计算工具进行高效的...
转录物扩散噪声在SRT数据中普遍存在(Stereo-seq和10x Visium)。 SRT数据存在广泛的扩散,导致该基因原有的空间特异性丧失,无法对细胞聚集或细胞类型注释做出合理的判断。 在进行下游生物信息学分析之前,对SRT数据进行有效的去噪是必不可少的。 结果2、SpotGF对SRT数据去噪 ...
斑马鱼stereo-seq的数据分析 知识 校园学习 学习bufukanni123 发消息 人～家～今～年～刚～拿～到～版～号～ 接下来播放 自动连播 使用AI美化处理Stereo-seq的SVG图片 bufukanni123 4 0 HKU Taster 香港大学 518 0 一自学就被老师yygq,怎么办? 幻夜梦屿 2.0万 21 女死刑犯居然在监狱怀孕了,这怎么...
金十数据9月12日讯,华大智造官微消息,日前,华大智造在香港、深圳两地举办了2024Omics前沿大会。在香港会场,华大智造面向全球推出一款由αLab孕育孵化的AI大模型产品αLabStudio智能实验室管理平台。在深圳会场,华大智造重磅推出升级版时空转录组FF产品方案(freshfrozen冷冻样本)Stereo-seqv1.3和DNBelabC系列高通量单细...
转录物扩散噪声在SRT数据中普遍存在(Stereo-seq和10x Visium)。 SRT数据存在广泛的扩散,导致该基因原有的空间特异性丧失,无法对细胞聚集或细胞类型注释做出合理的判断。 在进行下游生物信息学分析之前,对SRT数据进行有效的去噪是必不可少的。 结果2、SpotGF对SRT数据去噪 利用最优运输(OT)算法定量评估基因扩散模式,...
然而,空间转录组学的最新进展通过Stereo-seq、Seq-Scope、Open-ST和Nova-ST等定序方法提供了纳米分辨率的全转录组图谱。这些高分辨率技术提供了独特的优势,例如在亚细胞水平上解析转录组全表达的能力,在某些情况下在亚微米范围内。 目前的分析挑战:高分辨率方法产生的数据量巨大,需要强大且可扩展的计算工具进行高效的...