RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon 编程算法https网络安全 连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战,其中几个小伙伴让我非常...
featureCounts -p -a ../00ref/genes.gtf -o Z-13-1_out_counts.txt -T 10 -t exon -g *L1*dm6_Aligned.sortedByCoord.out.bamfeatureCounts -p -a ../00ref/genes.gtf -o out_counts.txt -T 20 -t exon -g gene_id featureCounts -p -a ../00ref/genes.gtf -o out_counts.txt -T...
序列比对排序# STAR align 简单版本 样本R1STAR--runThreadN10--genomeDir arab_STAR_genome \#索引目录--readFilesCommand zcat \#执行解压缩:--readFilesIn02clean_data/sample1_1_paired_clean_R1.fastq.gz \02clean_data/sample1_1_paired_clean_R2.fastq.gz \#执行输入文件--outFileNamePrefix03align_o...
以featureCounts为例,计算基因表达量的命令如下: featureCounts-a/path/to/annotations.gtf-o/path/to/output.txt /path/to/input.bam 其中,-a指定参考基因组注释文件,-o指定输出文件,/path/to/input.bam为比对结果的输入文件。 8. 差异表达分析 在得到基因的表达量后,可以使用各种差异表达分析工具(如DESeq2、...