c 热图显示了 TCGA 中单个样本的 RCD 分数和 ssGSEA 分数。RCD 分数定义为 18 个 RCD 的 ssGSEA 分数之和。右面板是条形图,显示了 TCGA 中所有样本的 ssGSEA 分数之和。 d 右图显示了 TCGA 中每种 RCD 的 ssGSEA 评分在癌症中的比例。中间面板显示了 RCD 类型,它在癌症中的比例最高。左图显示了所有...
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本视频又是一期:一键式免疫浸润评分、程序性死亡评分、代谢评分、ssgsea、gsva分析,保你10分钟就学会,还不点进来?一大损失呀,学姐边健身边连夜做的代码,确定不来看看?知识 校园学习 研究生 #免疫浸润 #程序性死亡 #cibersort #ssgsea富集分析 #免疫浸润生信分析 #gsva分析 学习方法 机器学习...
与上述CIBERSORT和ssGSEA不同的是:(1)除了免疫细胞,还能分析肿瘤细胞纯度和基质细胞的丰度;(2)关于免疫细胞,仅能计算一个总的免疫细胞评分,而无法给出每种免疫细胞的具体比例。其分析方法其实和ssGSEA有些类似,具体分析流程如下: 简单总结一下,作者从TCGA等公共数据库中筛选了不同平台的数据,包括Agilent, Affymeti...
a 圆圈热图显示 RCD 评分与个体癌症类型中免疫检查点基因表达之间的关联,具有 Spearman 相关性。从内到外,圆圈热图的纵轴表示不同的癌症类型,由图 B 的 x 轴注释。 b 热图描述了 RCD 评分与 ssGSEA 评分之间的 Spearman 相关性跨多种癌症的 29 个微环境特征。