1.安装prefetch,要安装最新版本 2.用conda安装Ascp 3.确保都安装好之后执行命令 prefetch -O output --option-file SRR_Acc_List.txt
根据该SRR_Acc_List.txt下载SRR数据并转换为fastq文件: nohup prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt & #下载SRR文件 nohup fasterq-dump --split-3 ./SRR6382584 & #将双端测序文件拆分为两个reads gzip SRR6382584-1.fastq #压缩为gz格式,结果文件为SRR6382584-1.fastq.gz gzip SRR6382584-2.fastq #...
export PATH=/home/lmt/biosoft/data:$PATH 保存之后需source ~/.bashrc 或者move move ./frefetch_bash.sh /usr/bin这样可以直接使用 5.利用prefetch_bash.sh批量下载所需的SRR文件 在终端输入:prefetch_bash.sh 下载的SRR数据默认存放在:/home/lmt/ncbi/public/sra里...
中文名:Apksrr助手 apksrr助手最新版分享给大家,为大家带来丰富的热门游戏资讯攻略,大家熟知的游戏专区为大家提供,最新公告和游戏等你来,还能够浏览各种游戏壁纸来下载使用,为广大玩家提供一个分享交流地,欢迎各位感兴趣的朋友们下载使用。 apksrr助手手机版介绍 包含了超多游戏资讯与游戏壁纸的软件,为玩家们带来超多...
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Apksrr助手最新版下载 版本:v1.1 类型:社交娱乐 语言:简体中文 大小:27.38MB 时间:2023-10-13 09:58:31 应用介绍 Apksrr助手最新版是一款全球下载各种好玩游戏和软件的应用商店软件,各个国家的最新作品,搜索和预览都可以找到。快速安全的下载,无需担心各种问题,详细的中文版介绍,还能交流分享游戏攻略,感兴趣的朋友...
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Apksrr助手是一款非常实用的手机游戏下载和管理工具,具有丰富的特色和功能,满足用户的多种需求。Apksrr助手app包含大量的游戏资源,用户可以在软件内轻松下载到自己喜欢的游戏,同时还可以进行游戏管理,如游戏安装、卸载、更新等操作。
2.怎么使用prefetch来下载SRR数据呢? 在前面的步骤里面,我们已经下载了sratoolkit,但实际上,下载SRR是调用软件里面的Prefetch下载数据的。如果大家想要更快,可以下载aspera软件,但我使用conda 软件安装后,一直都下载不了数据,在使用conda安装sratoolkit后,也是下载不了,为了数据下载,琢磨了一周。真心劝告大家,如果一个...
想要在NCBI上下载一个二代测序数据,发现SRR数据需要用SRA Toolkit软件下载 SRA Toolkit下载 从NCBI主页进去下载界面 打开NCBI,点击图示的Download,再点击新页面的Download Tools,然后就会看见SRA Toolkit的下载,点击进去就会到对应系统的下载界面 下载地址:01. Downloading SRA Toolkit 我直接右键Ubuntu那个,然后复制链接,ft...