(1) 样品名称(sample name):无特定格式要求,但需与第五步中上传表格使用过的样品名称保持一致。 (2) 文库ID(library ID):无特定格式要求。 (3) 标题(title):建议采用 {methodology} of {organism}: {sample info} 这样的格式,例如“RNA-Seq of mus musculus:...
library_ID:文库ID,必须是唯一的,不能重复。 title:数据集的简短描述,格式为 {methodology} of {organism}: isample info},例如 RNA-Seq of mus musculus: adult female spleen。 library_strategy:文库策略,如 RNA-Seq。 library_source:文库来源,如 GENOMIC。 library_selection:文库选择,如 PCR。 library_lay...
BioSample accession:注册好的Biosample编号直接填写; Library ID:它是唯一的,我们可以使用物种拉丁文名命名。 Library strategy可以选择WGS,Library source可以选择Genomic,Library selection可以选择size fractionation,Library layout可以选择paired,Platform可以选择illumina,instrument model可以选择Illumina NovaSeq 6000; Filetyp...
你会发现这个表中包含了很多的内容,我们一般关注以下几列:Run,Download_path,ExperimerLibraryName,LibraryStrategy,LibraryLayout,Platform,ScientificName,SampleName和Sex等。需要定位到里面的下载链接哈 Step 4: 根据上述信息选择适合自己研究课题的样本数据,将下载路径分别复制到IDM软件中,进行断点下载。
(1) SRP开头的ID:PRJNA = SRP 文章如果提到其数据上传到了SRA数据库,那么就会给出SRP开头的ID。如:The sequencing data have been deposited in the NCBI Sequence Read Archive (SRA) database under the accession code SRP115453. ① 查看样本列表: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP115453,可以...
找到数据的SRA链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA589292,选择进入Run Selector 下载accession list,传送到server。 下载https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.2/sratoolkit.3.0.2-ubuntu64.tar.gz,【如下所述】 1 prefetch --option-fileSRR_Acc_List.txt ...
paste0('sample_taxon_id:', 10116), 'AND experiment_library_strategy:"rna seq"', 'AND experiment_library_source:transcriptomic', 'AND experiment_platform:illumina') z = oidxsearch(q=query,entity=′full′,size=100L)其中,entity参数是指可以通过API获得的SRA实体类型,size参数指查询结果返回的记录数...
library(stringr) library(dplyr) fall <- dir() data.out<-df.use[1:4,] for (fnow in fall) { str <- str_sub(fnow, start = 4, end = 10) num <- as.numeric(str) df.read <- read.table(fnow) df.use <- data.frame(v1 = df.read$V1,v4=df.read$V4) ...
(sp,unsp,deltaT=2,kCells=10, cell.dist=cell.dist,fit.quantile=fit.quantile,n.cores=24)###在UMAP聚类图上绘制RNA velocitylibrary(ggplot2)setwd("/share/home/sunxiao/HL/PRJNA701452/step1_SOAPnuke/featurecount/SRR20950111/outs/velocyto")pdf("cell_velocity.pdf",height=6,width=8)gg<- UMAPPlo...
library(SRAdbV2) oidx = Omicidx$new() 创建好Omicidx实例后,就可以使用oidx$search()来进行数据检索 AI检测代码解析 query=paste( paste0('sample_taxon_id:', 10116), 'AND experiment_library_strategy:"rna seq"', 'AND experiment_library_source:transcriptomic', ...