运行结束后生成y_*.nii文件,这个文件包含了从 T1到 MNI 模板的 变换关系(变换后的坐标位置)。 2. 应用变换:选择 Normalize 模块的 Write 选项,在弹出的窗口中 Data 选项处添加被试,在 Deformation Field 处选择上一步得到的y_*.nii文件,在 Image toWrite 处选择 T1 图像,其他可以保持不变。默认分辨率是 2*...
1. 估计变换:选择SPM12 的 Nomalize 模块的 Estimate 选项,在弹出的窗口中 Image toAlign 处选择 T1 图像,其他可以保持默认设置。运行结束后生成y_*.nii文件,这个文件包含了从 T1到 MNI 模板的 变换关系(变换后的坐标位置)。 2. 应用变换:选择Normalize 模块的 Write 选项,在弹出的窗口中 Data 选项处添加被...
Parameters files和功能像的normalize一样,也选择在segment中生成的空间标准化参数文件(批处理中选择Subj→MNI)。Images to write选择在segment中场强校正后的结构像。这里的voxel size要设置结构像的大小,也就是[1,1,1]。 6)Smooth 7)Detrend 8)Filte 1、Slice Timing时间层校正 Slice Timing用来校正1个volume中...
Normalize中Image to Align和Image to Write都直接使用了源图像,这里不太清楚为什么,但看起来效果不错。若Image to Align使用了MNI.nii结果不好看!! Segment 直接按照MNI进行分割,只使用c1即灰质的部分; Coregister 将灰质图与MNI图进行配准,使得图像大小一致,方便后续进行ROI提取。 筛选的文件名由python程序筛选获得...
Parameters files和功能像的normalize一样,也选择在segment中生成的空间标准化参数文件(批处理中选择Subj→MNI)。Images to write选择在segment中场强校正后的结构像。这里的voxel size要设置结构像的大小,也就是[1,1,1]。 7)Smooth 8)Detrend 9)Filte 1 Slice Timing用来校正1个volume中层与层之间获取(采集)...
另外,如果以后希望把功能激活图像叠加到结构像上,那么结构像也需要做一次空间标准化。Parametersfiles和功能像的normalize一样,也选择在segment中生成的空间标准化参数文件(批处理中选择Subj→MNI)。Images to write选择在segment中场强校正后的结构像。这里的voxel size要设置结构像的大小,也就是[1,1,1]。
spm fmri数据分析总述-全面但省略了细节.pdf,SPM Introduction 2 一、预处理流程 5 0、预处理的workflow 5 1、Slice Timing 时间层校正 5 2 、Realignment 头动校正 6 3、Coregister 配准 8 4 、Segment 分割 9 5、Normalize 空间标准化 10 6、Smooth 平滑 11 二、 分析 12
12、egister(配准), Normalize(标准化)和 smooth(平滑)。描述如下。头动校正头动校正是匹配图像的最基本功能。它采用刚体变换来处理扫描图像。即只允许转换(在 X, Y,Z 轴方向移动)和旋转(围绕 X,Y,Z)。通过试错来找到能使两个图像差异最小化的处理方式。最小化成本函数是两个图像间的方差和。因此,只能用于...
其他参数默认5、头像分割segmentData选择被试的结构像,affineregula:一般选欧洲人的脑模版6、标准化normalize(write)spm8normalise(write)ata生成newsubjectparameterfile使用dependency选择subjMNIimagestowrite使用dependency选择SliceTiming:slicetimingcorr:ImagesSesslSess3boundingbox看的教程,改大了一些-90-126-7290901 50...
Parameters files和功能像的normalize一样,也选择在segment中生成的空间标准化参数文件(批处理中选择Subj→MNI)。Images to write选择在segment中场强校正后的结构像。这里的voxel size要设置结构像的大小,也就是[1,1,1]。SmoothDetrendFilte1、Slice Timing时间层校正Slice Timing用来校正1个volume中层与层之间获取(...