目前使用最多的spike-in是ERCC( The External RNA Control Consortium)的spike-in MIX,有mix1和mix2两只试剂,混合有92种不同的mRNA。ERCC的试剂盒售价高达2万元,若非必要一般也不会去买。这篇文献的作者没有使用ERCC,所以就简单的拿GFP和RFP来当spike in。 首先,我从EBI上下载了原文献的原始数据,然后质量过滤,...
设计的RNA spike-in序列长度范围是250-2000nt,GC含量在5-51%,该长度模拟了真核生物转录本的长度状态,ERCCC 2.0版本的RNA spike-in 有96条DNA分子,每条序列都有特异对应的序列。这些序列都是和human genome同源性低,不影响后续的比对分析。RNA spike-in包含92条转录本序列,其序列可通过官网下载得到。这些序列分成...