目前使用最多的spike-in是ERCC( The External RNA Control Consortium)的spike-in MIX,有mix1和mix2两只试剂,混合有92种不同的mRNA。ERCC的试剂盒售价高达2万元,若非必要一般也不会去买。这篇文献的作者没有使用ERCC,所以就简单的拿GFP和RFP来当spike in。 首先,我从EBI上下载了原文献的原始数据,然后质量过滤,...
RNA spike-in 最开始是由 ERCC（External RNA Control Consortium）RNA外部质控组织开发的，有点类似于⾊谱中添加的标准品，以便定量分析，标化不同样品之间的 RNA counts —— 通过与已知浓度的对照进⾏⽐对，借助 RNA 测序的⽅法对基因表达进⾏定量分析。这在单细胞 RNA 测序实验中尤为重要，因为单细胞...
CUT&tag-qPCR时,用spike in校正后,可以很明显看到,如果没有spike in校正,不同投入量细胞进行CUT&tag实验,同一基因qPCR后富集倍率差异较大,但是spike in校正后,基因的富集倍率受投入量影响较少。另外,在CUT&tag实验中,一些低富集的基因,可能因实验因素导致CUT&tag-qPCR显示不富集,但是spike in校正后,低富集的基因...
RNA spike-in 最开始是由 ERCC(External RNA Control Consortium)RNA外部质控组织开发的,有点类似于色谱中添加的标准品,以便定量分析,标化不同样品之间的 RNA counts—— 通过与已知浓度的对照进行比对,借助 RNA 测序的方法对基因表达进行定量分析。 这在单细胞 RNA 测序实验中尤为重要,因为单细胞实验中要求对数千...
设计的RNA spike-in序列长度范围是250-2000nt,GC含量在5-51%,该长度模拟了真核生物转录本的长度状态,ERCCC 2.0版本的RNA spike-in 有96条DNA分子,每条序列都有特异对应的序列。这些序列都是和human genome同源性低,不影响后续的比对分析。RNA spike-in包含92条转录本序列,其序列可通过官网下载得到。这些序列...
Spike in作为NGS实验的校正工具,在NGS技术中早早就有应用,像常见的RNA-seq中就有spike in。当然,最初,spike in是由ERCC(External RNA Control Consortium)RNA外部质控组织为RNA-seq开发的,以标化不同样本之间的RNA counts(通过与已知浓度的对照进行比对,借助RNA测序的...
Spike in作为NGS实验的校正工具,在NGS技术中早早就有应用,像常见的RNA-seq中就有spike in。当然,最初,spike in是由ERCC(External RNA Control Consortium)RNA外部质控组织为RNA-seq开发的,以标化不同样本之间的RNA counts(通过与已知浓度的对照进行比对,借助RNA测序的方法对基因表达进行定量分析)。
起初，spike in由ERCC组织为RNA-seq开发，用于标准化不同样本之间的RNA counts，通过与已知浓度的对照进行比对，实现基因表达的定量分析。引入spike in后，实验效果显著提升，之前因PCR循环或测序偏好性影响而未检测到的表达差异基因，在spike in normalization后，展现出明显的表达差异。随着技术发展，CUT&...
设计的RNA spike-in序列长度范围是250-2000nt,GC含量在5-51%,这个长度模拟了真核生物转录本的长度状态,ERCCC 2.0版本的RNA spike-in 有96条DNA分子,每条序列都有特异对应的序列。这些序列都是和human genome同源性低,不影响后续的比对分析。这些序列可以通过混合成“鸡尾酒”的方式,spike in 生物RNA样本中。ERCC...
对于spike-in外参转录本,由于初始每个细胞加的量都是一样的。...如果某些细胞的spike-in表达相比其它细胞异常增大,可能就意味着细胞的内源基因表达相对偏低。...例如针对上述数据,把文库大小阈值设为100000(这是smart-seq,与10X不可比);表达基因数设为5000,;spike-in以及线粒体基因比例均设为10%(仅作为举例,不...