ERCC的全称是 External RNA Controls Consortium,翻译过来就是外源RNA参照协会,这是个专门为了定制一套spike-in RNA而成立的组织。该组织成立于2003年,主要的工作就是设计了一套非常好用的spike-in RNA,方便当时的microarray,qRT-PCR以及后来的RNA-Seq进行内参定量。 早期的用DNA芯片是一个突破性的技术,它可以通过测...
RNA spike-in 最开始是由 ERCC（External RNA Control Consortium）RNA外部质控组织开发的，有点类似于⾊谱中添加的标准品，以便定量分析，标化不同样品之间的 RNA counts —— 通过与已知浓度的对照进⾏⽐对，借助 RNA 测序的⽅法对基因表达进⾏定量分析。这在单细胞 RNA 测序实验中尤为重要，因为单细胞...
Spike in作为NGS实验的校正工具,在NGS技术中早早就有应用,像常见的RNA-seq中就有spike in。当然,最初,spike in是由ERCC(External RNA Control Consortium)RNA外部质控组织为RNA-seq开发的,以标化不同样本之间的RNA counts(通过与已知浓度的对照进行比对,借助RNA测序的...
Lexogen 025.03 Spike-In RNA Variant set (SIRVs)说明书 Dear Customer,Thank you for having purchased the Spike-In RN A Variant set (SIRVs, Lexogen Cat. N o. 025.03) for isoform determination and quantification. Unfortunately, one out of the 69 SIRV transcripts, SIRV502, was found to ...
RNA spike-in是用于对DNA微阵列试验进行校正的DNA转录物,这种spike-in可以和标靶阵列的特异性控制(对照)探针进行杂交。商业化微阵列扫描仪的商家一般会同时提供的RNA spike-in试剂盒。 制备样品时,将已知量的RNA spike-in和试验样本混合,然后检测spike-in和控制(对照)探针的杂交程度,用这样的数据对来样品RNA的杂交...
起初，spike in由ERCC组织为RNA-seq开发，用于标准化不同样本之间的RNA counts，通过与已知浓度的对照进行比对，实现基因表达的定量分析。引入spike in后，实验效果显著提升，之前因PCR循环或测序偏好性影响而未检测到的表达差异基因，在spike in normalization后，展现出明显的表达差异。随着技术发展，CUT&...
作为NGS实验的校正工具,在NGS技术中早早就有应用,像常见的RNA-seq中就有spike in。当然,最初,spike in是由ERCC(External RNA Control Consortium)RNA外部质控组织为RNA-seq开发的,以标化不同样本之间的RNA counts(通过与已知浓度的对照进行比对,借助RNA测序的方法对基因表达进行定量分析)。
RNA spike-in 最开始是由 ERCC（External RNA Control Consortium）RNA外部质控组织开发的，有点类似于⾊谱中添加的标准品，以便定量分析，标化不同样品之间的 RNA counts —— 通过与已知浓度的对照进⾏⽐对，借助 RNA 测序的⽅法对基因表达进⾏定量分析。这在单细胞 RNA 测序实验中尤为重要，因为单细胞...
在DNA-蛋白互作技术研究中,spike in的添加一直是一大传统。当然了,spike in的添加不仅仅只在DNA-蛋白互作技术研究中被应用,常见的如RNA-seq中,也有大量报道进行了spike in的添加。Spike in可以对样本中真实基因的表达进行校正,同时也能作为恒量实验好坏的质控标准。
RNA sequencingMotivation Analysis of allele-specific expression is strongly affected by the technical noise present in RNA-seq experiments. Previously, we showed that technical replicates can be used for precise estimates of this noise, and we provided a tool for correction of technical noise in ...