“第一个单细胞空间转录组数据库” 2019年11月,来自中国科学院生物物理研究所高通量测序中心的研究人员发布第一个单细胞空间转录组数据库及数据在线可视化平台:SpatialDB,为研究组织的空间细胞结构提供了一个资源库,并可能为理解疾病中的细胞微环境带来新的见解。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。 Spa...
SpatialDB是第一个用于空间解析的转录组技术和数据集的管理数据库。SpatialDB的当前版本包含了来自5个物种的24个数据集(305个子数据集),这些数据集是由8种空间分辨转录组技术产生的。SpatialDB提供了一个用户友好的web界面,用于可视化和比较空间解析的转录组数据。为了进一步探索这些数据,SpatialDB还提供了空间可变基因及其...
目前,SpatialDB包含8种空间转录组技术生成的24个数据集,数据主要来自人、小鼠、果蝇、线虫和斑马鱼组织。数据库链接:http://spatialomics.org/SpatialDB/index.php。在首页中的Search SpatialDB筛选模块中(等效于Search菜单),可以查找感兴趣基因的表达信息(支持Gene symbol或ENSMBL ID),这里就以“KCTD12”基因为例,点击...
由于现有方法的巨大差异,缺乏一个数据库来实现空间转录组数据的便捷比较、整合和可视化。 因此,研究团队开发了了SpatialDB,一种手动管理的空间转录组资源,供研究人员有效研究和重复使用已发布的数据。当前版本的SpatialDB包括5个物种(人类、小鼠、果蝇、秀丽隐杆线虫和斑马鱼)的24个空间转录组数据集,这些数据集由8种空间...