研究人员首先在模拟和实验获取的人类淋巴结数据上测试了 SpatialGlue，并进行了基准测试。SpatialGlue 的定量性能优于其他方法，并捕获了更多的解剖细节。通过定量基准测试表明，SpatialGlue 在 5 个模拟数据集和 12 个真实数据集上表现出优于 10 种最先进的单模态和非空间方法的性能，凸显了空间信息和跨组学整合的重...
SpatialGlue,这是一种图神经网络模型,具有双重注意力机制,用于解码空间多组学数据中的空间域。 首先,从同一组织切片中获取多种类型的数据,包括空间表观基因组-转录组和转录组-蛋白质组模式。对获取的数据进行预处理,以确保数据质量和一致性。接着,构建SpatialGlue模型,该模型采用图神经网络架构,结合双重注意力机制。
研究还发现SpatialGlue能够区分脾脏中的不同巨噬细胞亚群,提供了关于免疫细胞功能和分布的新见解。这一发现展示了SpatialGlue在解读免疫系统复杂性方面的应用前景。 SpatialGlue 准确整合了小鼠胸腺和脾脏的多模态数据 通过上述实验,研究人员发现SpatialGlue具有跨模态数据整合的显著优势。相比于单一模态的数据分析,SpatialGlue...
SpatialGlue 的定量性能优于其他方法,并捕获了更多的解剖细节。 通过定量基准测试表明,SpatialGlue 在 5 个模拟数据集和 12 个真实数据集上表现出优于 10 种最先进的单模态和非空间方法的性能,凸显了空间信息和跨组学整合的重要性。 图示...
SpatialGlue在模拟和真实数据中准确识别空间域 其次,研究人员在小鼠大脑样本中应用了SpatialGlue,成功整合了空间表观基因组和转录组数据。鼠脑数据共分为两类,一类是ATAC–RNA-seq,目的是测量mRNA和开放染色质区域;另一个是RNA-seq与CUT&Tag模式。通过这一整合方法,研究人员能够识别和区分更多的皮层层次,比原始数据注...
SpatialGlue是一款专门用于空间多组学分析的方法。它能够将来自同一组织切片的多种空间组学数据模态进行有效整合,进而以更高的空间分辨率揭示组织样本的空间域。SpatialGlue运用图神经网络技术,为每个数据模态学习低维嵌入,随后实现跨模态数据的精准整合。为了更准确地整合空间信息与个体组学数据,并促进跨组学的综合分析,Spati...
SpatialGlue is a tool designed to decipher spatial domains from spatial multi-omics data acquired from a single tissue section. It employes graph neural networks with a dual-attention mechanism to accomplish within-omics integration of measured features and spatial information, followed by cross-omics...
03 元宇宙会议和合作解决方案——Spatial和Glue 线下进行会议和合作的优点在于,所有人都同处于一个空间,面对面进行沟通,提出建设性的想法和点子,实现思维的碰撞,从而得出更具创意的结论或解决方案。随着新冠肺炎疫情暴发,大量工作和合作都必须通过互联网进行。在这一背景下,Zoom和微软的Teams以最快的速度强势崛起。可是...
Advances in spatial omics technologies now allow multiple types of data to be acquired from the same tissue slice. To realize the full potential of such data, we need spatially informed methods for data integration. Here, we introduce SpatialGlue, a grap
SpatialGlue scales well with data size and can be used to integrate three modalities. Our spatial multi-omics analysis tool combines the information from complementary omics modalities to obtain a holistic view of cellular and tissue properties....