生成GROMACS 格式的拓扑文件(.top 文件)。 支持多种输入文件格式,如 .pdb 或 .mol2。 根据用户选择的力场自动分配力场参数。 自动分配原子类型和电荷。 2. 确定需要生成的拓扑文件类型和格式 通常,我们需要生成 .top、.gro 和 .itp 文件,这些文件是 GROMACS 分子动力学模拟所必需的。 3. 准备 Sobtop 生成拓...
第一步在sobtop目录下，新建RESP和ITP文件夹。第二步，在RESP文件夹里，将multiwfn_3.8里的计算电荷...
5.打开sobtop,以下流程参见:Sobtop 1)输入当前mol2文件路径: G:\力场拟合\sobtop_1.0(dev5)\examples\TEST\mol.mol2 2)在主菜单里选7 Assign atomic charges, 3)再选10 Load atomic charges from .chg file of Multiwfn,输入.chg文件的路径,G:\力场拟合\sobtop_1.0(dev5)\examples\TEST\mol.chg 4)...
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另外，sobtop不直接支持产生兼容CHARMM力场的拓扑文件。sobtop产生GAFF力场的配体的拓扑文件结合AMBER力场...
Sobtop是笔者开发的主要用于产生各种类型体系的GROMACS拓扑文件的程序,可以在主页http://sobereva.com/soft/Sobtop免费下载。过渡金属配合物体系的拓扑文件在以往是很难产生的一类情况,因为里面牵扯到GAFF、OPLS-AA、GROMOS等主流有机分子力场不支持的元素,里面涉及到的键/键角/二面角参数在那些力场里也没有,所以acpype...
Sobtop支持的各种基于Hessian产生力常数的方法简要说明如下:• Seminario方法:原文是Int. J. Quantum Chem.: Quantum Chemistry Symposium, 30, 1271 (1996)。已经过时了,算的键角力常数严重高估。总是不建议使用。不过键角力常数高估其实对实际MD模拟来说不算大问题,只不过是高估了键角的刚性而已。• Modified...
四、用sobtop根据GTP.pdb和chg文件生成topol文件 由于sobtop不能对pdb文件进行GAFF原子类型指认,所以用chimera将pdb文件转换为mol2格式 启动sobtop,按照下面的步骤执行,输入mol2文件后,先读进电荷文件chg。 产生了新的gro,itp,top文件 注意:原子类型指认的时候警告:cc ,nc原子指认可能有问题,经查看感觉没有问题!!
最后，使用sobtop根据GTP.pdb和chg文件生成topol文件。在原子类型指认时，可能会遇到cc和nc原子指认问题，但经查看后发现没有问题。角度和非共面项的一些参数是随意猜测的，但sob老师认为对结果影响不大。参考资源包括Sobtop、ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本以及几种生成有机...
16134 Gromacs进行有机分子动力学构象搜索 欢乐102 14610 1:20:49 微生物代谢产物分子网络分析GNPS2_02 欢乐102 13:55 天然产物ECD计算-第1步 欢乐102 4620 06:47 天然产物ECD计算-第1步:长时间构象搜索 欢乐102 10:44 天然产物ECD计算-04高斯优化结果检查及第四步振动分析 ...