目前植物单细胞应用大部分选择通过酶解方法去除细胞壁,制备原生质体后进行单细胞测序(scRNA-seq)。但不同植物相同组织/相同植物不同组织之间原生质体解离所需的方案差距巨大,无法广泛应用,同时多数植物存在丰富的次生代谢产物,其中酚、生物碱类化合物是植物中最重要的次生代谢产物。例如次生代谢较多的植物——药用植物,其...
snRNA-seq是单细胞核酸测序(single nucleus RNA sequencing)的一种方法,它可以用于在单个细胞核级别上研究细胞表型。相比于传统的单细胞RNA测序,单个细胞核的RNA可以更容易地被捕获,因此可以更好地保留细胞的原始特性,并且不会受到细胞溶解等因素的影响。 在snRNA-seq中,单个核被包裹在胶体颗粒中,其中包含了反转录和...
本研究对USC进行的单核测序揭示了肿瘤转录组和免疫反应的差异。黑人患者的肿瘤表现出侵袭性特征和免疫特征,表明免疫抑制。此外,作者还发现参与子宫发育的基因PAX8抑制了USC的免疫信号传导。, 视频播放量 52、弹幕量 0、点赞数 1、投硬币枚数 0、收藏人数 1、转发人数 0,
因此,相比于scRNA-seq,snRNA-seq可以更好地保留细胞的原始特性,并且不会受到细胞溶解等因素的影响。 通常情况下,snRNA-seq的数据量较小,需要对数据质量进行严格的控制和筛选。另外,在数据预处理和分析方面,由于细胞核提取和反转录等步骤的影响,snRNA-seq与scRNA-seq也存在一些不同之处。 综上,尽管scRNA-seq和snRNA...
技术:scRNA-seq、snRNA-seq 导读 肝细胞癌(HCC)是一种常见的原发性肝癌,总生存率低。将非酒精性脂肪肝相关HCC患者的肝癌肿瘤和癌旁组织中生成的肝脏snRNA-seq数据、包括病毒和非病毒来源的癌组织、癌旁组织和正常肝脏样本的肝脏scRNA-seq数据和TCGA数据库和肝癌研究所(LCI)的癌组织和癌旁组织的bulk RNA-seq数据...
图. snRNA-seq 确定新生儿心脏中不同的心肌细胞群 肾脏组织样本的snRNA-seq 2019年,来自华盛顿大学医学院的Benjamin D. Humphreys团队比较分析了肾脏组织的单细胞RNA测序(scRNA-seq)和肾脏组织的单细胞核RNA测序(snRNA-seq)在肾脏细胞类群鉴定中的...
肾脏组织样本的snRNA-seq 2019年,来自华盛顿大学医学院的Benjamin D. Humphreys团队比较分析了肾脏组织的单细胞RNA测序(scRNA-seq)和肾脏组织的单细胞核RNA测序(snRNA-seq)在肾脏细胞类群鉴定中的区别。与scRNA-seq相比, snRNA-seq捕获了多种在scRNA-seq数据集中不存在的肾脏细胞类型,包括肾小球足细胞、系膜细胞和内...
snRNA-seq是一种在单个细胞核级别上研究细胞表型的单细胞核酸测序方法。相比于传统的单细胞RNA测序，该技术能更好地保留细胞的原始特性，避免受到细胞溶解等因素的影响。在snRNA-seq中，单个核被包裹在胶体颗粒中，其中包含了反转录和扩增RNA的反应混合物。该技术难度较高，需要特别注意核提取和反转录过程...
与scRNA-seq相比,snRNA-seq技术具有以下几个优势:可以减少细胞捕获过程中因细胞大小不同等因素造成的不同细胞类型比例出现偏差的问题;减少酶解过程对细胞转录的影响;可以使用冷冻样本。其局限性主要在于细胞质遗传信息的丢失。 参考文献 An optimized FACS-free single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) method for pla...
5月12日,浙江大学研究人员在《Nature:Communications》上发表了名为“High-throughput single nucleus total RNA sequencing of formalin-fixed paraffin-embedded tissues by snRandom-seq”的文章,研究人员为临床FFPE(福尔马林固定和石蜡包埋)标本提供了一个强大的snRNA-seq平台,可在每个细胞核中检测到超过3000个基因,并...