整个实验分为细胞核分离、纯化两个步骤。首先将样品置于NIB缓冲液中切碎,将切碎后样品和NIB转移至50mL管中孵育后过筛离心,利用NIB-WASH缓冲液清洗离心两次后,将收集的样品通过流式细胞仪进一步纯化细胞核,得到背景更干净的细胞核悬液,最后根据10× Genomics上机要求调整核悬液至合适浓度,进行后续建库上机步骤。 2、植...
通常情况下,snRNA-seq的数据量较小,需要对数据质量进行严格的控制和筛选。另外,在数据预处理和分析方面,由于细胞核提取和反转录等步骤的影响,snRNA-seq与scRNA-seq也存在一些不同之处。 综上,尽管scRNA-seq和snRNA-seq都是单细胞RNA测序方法,它们在样本处理、数据量和数据预处理等方面具有不同的特点和应用。选择合...
一般来说，scRNA-seq 首先要从组织或细胞中获取样品，然后对单细胞进行分离和测序，得到每个细胞中每个基...
1.scRNA-seq数据分析主要包括数据预处理、细胞聚类、基因表达差异分析等步骤。由于单个细胞的RNA测序数据存在噪音和稀疏性,因此需要进行特殊的数据处理和统计分析方法。 2.snRNA-seq数据分析与scRNA-seq类似,但由于细胞核中的RNA相对稳定且不易受到细胞状态的影响,因此在数据预处理和细胞聚类等步骤上可能会有一些差异。
而采用细胞核进行单细胞转录组测序(snRNA-seq)则很好的解决了以上问题,具有很大优势:第一,可以进行冰冻样本操作,使样本类型大大扩增(如医院冻存的很多临床样本),且操作步骤大为简化而稳定。第二,不会引入人为的转录偏好。冻存组织中...
在这个工作流程中解决了构建snRNA-seq文库时遇到的两个实验挑战,包括高质量核的要求、准确核计数和完整核RNA。首先,我们优化了工作流程中使用的RNase抑制剂的浓度,以达到最小化RNA降解。其次,我们还进行了初步测试,检查核的质量并建立计数方法,简化核计数步骤。因此,我们通过细胞分选仪分析了开放花中的核,记录了由PI...
smopt序列是aauuuuuggag或seq id no:41。发夹来自小鼠u7snrna、人u7 snrna或人u1 snrna。发夹是小鼠u7 snrna、人u7 snrna、人u1snrna中的一者或多者的嵌合发夹。该发夹与seq id no:42、seq id no:43、seq id no:45或seq id no:46中的任一者中的发夹序列具有至少80%、至少85%、至少90%、至少92%、...
因此本文采取的方式是使用阴性选择方法去除样本中的neuron与oligodendroglia,间接富集Astro与Micro,再进行snRNA-seq测序。测序数据已经上传到GSE160936。 2、鉴定细胞类型 经数据预处理后,使用AUCell,结合细胞marker基因进行细胞类型注释,如下图所示Astro(52706)与Micro(27592)占大部分 ...
snRandom-seq的主要工作流程如图1所示。对于FFPE组织的单核分离,首先选择储存的FFPE组织块区域并放入管中。用标准二甲苯和酒精洗涤进行脱蜡和复水化。之后,细胞核被解离并渗透。在全面和高通量的单核总rna测序方面,研究人员提供了一种基于随机引物的化学捕获=总rna的策略以及一种易于操作的基于液滴的单核标记平台。
2.snRNA-seq数据中T、B和NK细胞的比例不足对肿瘤免疫学、肿瘤免疫治疗和自身免疫性疾病研究的课题设计具有重要参考意义,不推荐选择 snRNA-seq 方法研究免疫细胞相关的疾病。 1 研究背景 单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一项日益强大的技术,能够分析单个细胞中的基因表达。近年来,scRNA-seq被广泛应用于生物发育、正常...