计算SNP-index的置信区间可以帮助评估其预测准确性和可靠性。 以下是计算SNP-index置信区间的步骤: 1. 确定研究样本的大小和SNP的数量。 2. 计算每个SNP的效应大小和标准化的效应大小。 3. 根据标准化的效应大小,计算每个SNP在SNP-index中的权重。 4. 将每个个体的SNP数据代入SNP-index公式中,计算出该个体的SNP...
按照上述方法分别计算两个子代池的SNP-index，然后在计算两个子代池的SNP-index的差值即为delta SNP-ind...
ED算法和SNP-index算法是计算SNP位点的2种常用算法。由高通量测序获得拟南芥F_(2)代全基因组测序数据,基于Linux平台对测序数据进行过滤、筛选和比对,通过算法实现结果,比较不同算法检测得到的SNP位点数量和SNP基因型比例。实验结果表明,通过ED算法得到的SNP位点数量更多,分布更广,相对分布密度大于SNP-index算法的,但是...
这也是为什么进行SNP-index计算必须依赖于亲本测序数据的缘故。 每个混池都得到一组SNP-index数据之后,两个混池相减,即得到了△SNP-index的结果,代表的是两个混池之间SNP基因型频率的差异。理论上说,不与性状相关的位点,△SNP-index的值应当在0左右,代表混池之间不存在差异;而QTL及其相连锁位置的SNP,△SNP-index...
δSNP-Index是一种用来量化两个样本间SNP差异的方法,它利用欧氏距离来衡量SNP位点上的变异程度。本文将探讨δSNP-Index的概念以及其在计算遗传距离中的应用。 δSNP-Index的定义 δSNP-Index是一个统计指标,用于评估两个生物样本在SNP层面的相似度或差异性。它基于每个SNP位点的差异,通过计算两样本之间所有SNP位点的...
SNP-index方法是一种通过计算混池间的基因型频率差异进行标记关联分析的方法,主要是寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于1。计算方法简述如下: 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,...
Ferragina-Manzini Index的原理涉及构建后缀数组和后缀树,并将它们组合在一起以实现高效的字符串搜索。让我通过一个简单的示例来说明其原理。 假设我们有一个文本字符串:ABRACADABRA。我们想要构建Ferragina-Manzini Index来加速在这个文本中查找特定模式的操作。
内容提示: ED 算法和 SNP-index 算法计算 SNP 位点的比较分析———以拟南芥为例*甘秋云(福州理工学院应用科学与工程学院,福建 福州 350014 )摘 要: SNP (单核苷酸多态性)是发生在 DNA 序列上单个核苷酸碱基之间的变异,是生物可遗传变异中最常见的一种变异。 ED 算法和 SNP-index 算法是计算 SNP 位点的 2...
QTL-seq基于SNP计算频率,而NGS测序除了检测SNP,还能检测InDel (1-5 bp) ,理论上也能基于InDel进行InDel-index计算。2017年Singh等 (Singh et al., 2107) 提出了InDel-seq的方法并成功利用InDel-index法进行了木豆的枯萎病抗性和不育花叶病抗性的QTL定位。该方法在番茄抗叶霉病的QTL定位中得到了应用 (Liu et ...
SNP-index这个词,作为BSA的最常用的核心算法,给出的是BSA类项目最重要的QTL定位结果。SNP-index通过结果的可视化,可以非常直观地看出BSA定位得到的QTL在基因组上的位置。例如下图是一个典型的SNP-index的展示结果: 上图中,第一行和第二行分别代表两个子代极端性状混池的SNP-index结果,第三行是两个子代池的△...