按照上述方法分别计算两个子代池的SNP-index，然后在计算两个子代池的SNP-index的差值即为delta SNP-ind...
第一步:SNP位点选择 选择与目标性状相关的SNP位点是计算SNP Index的首要任务。通常可以通过相关分析、关联分析或基因组关联映射等方法来确定与性状相关的SNP位点。这些SNP位点应该具有较高的遗传效应和统计学的显著性。 第二步:SNP位点加权 在SNP Index的计算中,对不同的SNP位点赋予不同的权重是非常重要的。这些权重...
SNP-index方法是一种通过计算混池间的基因型频率差异进行标记关联分析的方法,主要是寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于1。计算方法简述如下: 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,...
2. SNP-index算法 通过寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于 1。 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,得到两个极端混池Δ(SNP_index)的值,然后对在同一条染色体上的SNP标记的...
在使用高通量分型方法(芯片或高通量测序)进行BSA分析时,最典型的策略是选择2个极端性状混池+亲本进行SNP-Index的计算。SNP-Index可以理解成突变位点遗传物质来源于某一个亲本的频率,对于混池的某一个位点来说,SNP-Index即为该位点与某亲本序列相同的reads占总reads的比例。而Δ SNP-Index即为2个混池之间SNP-Inde...
理论上说,不与性状相关的位点,△SNP-index的值应当在0左右,代表混池之间不存在差异;而QTL及其相连锁位置的SNP,△SNP-index值应当呈现较高的数值。△SNP index这种分析方法会存在因统计偏差造成的假阳性位点,这时我们可以通过计算滑窗内所有SNP的△SNP-index,来消除其影响,得到真正QTL所在的基因组区域。
- **SNP-index法**：通过计算混池间基因型频率的差异来进行标记关联分析。统计两个混池中SNP位点的...
RNAi分析：采用RNAi技术来特异性剔除或关闭特定基因的表达，从而在功能层面验证基因的作用。在简化基因组测序中，我们可以通过计算SNP-index和delta SNP-index来挑选出差异显著的SNP位点。具体来说，就是找出在两个池中SNP-index差异较大的位点，结合delta SNP-index的置信水平，从而挑选出候选区间和候选基因。
2. SNP-index算法 通过寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于 1。 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,得到两个极端混池Δ(SNP_index)的值,然后对在同一条染色体上的SNP标记的...
1、两个亲本+两个子代池:常见样本类型,所有 BSA 分析方法均适用。亲本间选择纯和差异的位点,然后计算这些位点在两个子代池中的 index 值,还可以采用 ED(欧式距离)关联 SNP 位点,计算差值后挑选候选区间以及候选位点。 2、一个亲本+两个子代:选择...