按照上述方法分别计算两个子代池的SNP-index，然后在计算两个子代池的SNP-index的差值即为delta SNP-ind...
第一步:SNP位点选择 选择与目标性状相关的SNP位点是计算SNP Index的首要任务。通常可以通过相关分析、关联分析或基因组关联映射等方法来确定与性状相关的SNP位点。这些SNP位点应该具有较高的遗传效应和统计学的显著性。 第二步:SNP位点加权 在SNP Index的计算中,对不同的SNP位点赋予不同的权重是非常重要的。这些权重...
通过滑窗方式计算各区域的Δ SNP-Index,可以判断区域是否与目的性状存在关联。SNP-Index的计算是BSA分析中最重要的过程。 高通量测序并进行SNP-Index计算的示意图(Takagi et al., 2013) ΔSNP-Index的计算需要结合子代混池的SNP频率和亲本的位点信息,但是没有亲本的时候也可以通过欧几里得距离(Euclidean distance, E...
其原理是利用测序reads对每个碱基位点的碱基进行统计,选择某一亲本或已有的参考基因组为参考,统计子代池中和亲本或者已有参考基因组在某一个碱基位点相同或者不相同的reads条数,计算不相同reads条数占总条数的比例,即SNP-index=不同的reads条数/该位点reads总数。在计算时,通常用1Mb作为窗口滑动计数SNP-index,每次滑...
2. SNP-index算法 通过寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于 1。 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,得到两个极端混池Δ(SNP_index)的值,然后对在同一条染色体上的SNP标记的...
在使用高通量分型方法(芯片或高通量测序)进行BSA分析时,最典型的策略是选择2个极端性状混池+亲本进行SNP-Index的计算。SNP-Index可以理解成突变位点遗传物质来源于某一个亲本的频率,对于混池的某一个位点来说,SNP-Index即为该位点与某亲本序列相同的reads占总reads的比例。而Δ SNP-Index即为2个混池之间SNP-Inde...
2. SNP-index算法 通过寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于 1。 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,得到两个极端混池Δ(SNP_index)的值,然后对在同一条染色体上的SNP标记的...
2. SNP-index算法 image.png 通过寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于 1。 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,得到两个极端混池Δ(SNP_index)的值,然后对在同一条染色体上...
1. 子代SNP、InDel频率计算 基于亲本检测结果,筛选出两个亲本间差异且纯合的SNP、InDel位点,作为多态性标记。以某一亲本为参考,分别计算两个子代池在标记位点的SNP-index、InDel-index。完全与参考基因组相同的SNP-index、InDel-index值为0;完全与参考基因组不同的SNP-index、InDel-index值为1。
百迈客-BSA算法详解