每个混池都得到一组SNP-index数据之后,两个混池相减,即得到了△SNP-index的结果,代表的是两个混池之间SNP基因型频率的差异。理论上说,不与性状相关的位点,△SNP-index的值应当在0左右,代表混池之间不存在差异;而QTL及其相连锁位置的SNP,△SNP-index值应当呈现较高的数值。 不过,通过高通量测序得到的SNP数据通常...
SNP-index方法是一种通过计算混池间的基因型频率差异进行标记关联分析的方法,主要是寻找混池之间基因型频率的显著差异,用Δ(SNP-index)统计。Marker与性状关联度越强,Δ(SNP-index)越接近于1。计算方法简述如下: 通过在基因组上选择一定大小的窗口,如100Kb,通过滑窗法在全基因组水平内对窗口内包含的SNP进行计算,...
(2) 外显子靶向捕获:用带有生物素的外显子探针库与文库进行杂交,然后探针与带有链霉亲和素的磁珠结合,将捕获外显子序列的磁珠收集并洗脱回收DNA,PCR扩增建库; (3) 测序分析:与WGS一样,基于二代测序技术,对外显子文库基因序列进行测定。 在文库构建过程中,需要注意样本质量、index、接头浓度等因素对于文库质量影...
基因分型(Genotyping)又称为基因型分析(Genotypic assay),是利用生物学检测方法测定个体基因型(Genotype)的技术,使用技术包括聚合酶链反应(PCR)、基因测序、DNA片段分析等。基因分型目前已经成为很多工作的基础,比如基因功能研究、致病基因鉴定、基因型鉴定等。
意思是,某两个位点变异导致乙型肝炎病毒和相关肝细胞癌发生的关键原因。rsID分别代表两个变异位点 (发现变异位点后通过vep/snpEFF对变异位点进行的注释)。所以根据rsID能够找到这个位点在基因组的位置。可以用dnSNP来查看rsID的基因坐标。 方法一: 下载All_20160601.vcf.gz 这个文件(很大数据): ...
如果你不理解,可以理解为优先选择了编码区,启动子等,以及已经报道过功能的位点,有点富集的意思,从已知推未知,遗憾的是已知有点少,所有GWAS得到的位点需要进一步验证。这里提供一个GWAS因果位点查询的网站供大家研究(http://mulinlab.tmu.edu.cn/causa...
这里--cs参数和-r2k参数是什么意思暂时还没搞清楚 这个比对很快 84秒 sam文件转bam samtools sort -@ 16 -O bam -o Kyo_C24.bam Kyo_C24.sam samtools sort -@ 16 -O bam -o Cvi_C24.bam Cvi_C24.sam samtools index Kyo_C24.bam samtools index Cvi_C24.bam ...