在此基础上,科学家提出了SNP heritability的概念,即SNP遗传力,公式如下 用SNP位点来表征样本的遗传变异,在描述SNP位点和表型的关联性时,采用加性模型,将表型y看做是多个位点效应相加的结果 则SNP遗传力可以用以下公式进行表示 需要注意的是,这里的SNP位点是属于一个集合的,是部分位点,而具体是哪些位点取决于两个因...
1.10 --blup-snp 输出SNP效应值 再加上--reml-pred-rand和--bfile,加上plink二进制文件和育种值信息,会计算SNP的效应值,类似rrblup的值。 1.11 --blup-snp 输出SNP效应值 再加上--reml-pred-rand和--bfile,加上plink二进制文件和育种值信息,会计算SNP的效应值,类似rrblup的值。 2. 数据准备 2.1 表型数据...
在此基础上,科学家提出了SNP heritability的概念,即SNP遗传力,公式如下 用SNP位点来表征样本的遗传变异,在描述SNP位点和表型的关联性时,采用加性模型,将表型y看做是多个位点效应相加的结果 则SNP遗传力可以用以下公式进行表示 需要注意的是,这里的SNP位点是属于一个集合的,是部分位点,而具体是哪些位点取决于两个因...
第二步:利用GCTA-GREML估计SNP遗传力 gcta64 --grm test --pheno test.phen --reml --out test --thread-num 10 –pheno 表型文件 –reml 利用reml算法计算snp遗传力 计算结果储存在 test.hsq的文件中 当然我们以可以加入协变量,例如前10个主成分 PC1-10: gcta64 --grm test --pheno test.phen --rem...
使用GCTA的GREML评估SNP遗传力 评估SNP遗传力有两种方法LDSC和GREML, 本文介绍下GREML评估遗传力的方法。在GCTA软件中,其核心就是如下所示的线性混合模型 其中y表示表型,b表示固定效应协变量的系数,u表示随机效应自变量的系数, 这里的随机效应指的就是所有SNP位点对表型的效应,e表示随机误差。其中u和e服从如下所示...
您好亲，广义遗传力(broad-sense heritability)是遗传力的一种，是指遗传变异占表现型总变异的百分数，或遗传方差占表现型方差的百分数，用H²或hB2表示。这个概念可以用于在某一特定的性状表型变异中比较遗传因素和环境因素作用的大小关系。因此：遗传力=遗传方差/表现型方差。
由于畜禽传统遗传力估计需要的系谱信息完整性和准确性较难以实现,随着基因组学的发展,以全基因组单核苷酸多态性(SNP)进行遗传力估计的方法得到广泛应用。而对SNP遗传力的准确估计有利于了解遗传变异对表型的作用程度,目前已有不少SNP遗传力估计模型被开发利用。本文主要综述了SNP遗传力的概念、常用估计方法及其影响因素,...
The Evaluated Methods and Influencing Factors of SNP Heritability and Its Application in Farmer Animal Breeding DUAN Yixin, ZHANG Linyun, ZHAO Yongju 畜牧兽医学报 . 2024, (5): 1854 -1865 . DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2024.05.004
root@PC1:/home/test#awk'{OFS = "\t"; print $1, $2, $6}'gwas_test.fam >phenotype.txt ## 提取表型数据root@PC1:/home/test#gcta64 --grm gmat2 --pheno phenotype.txt --reml --outheritability1> /dev/null ## 计算遗传力root@PC1:/home/test# ls ...
若想将完整的加性遗传力估计归约为可以通过个体基因分型SNP芯片确定的单一分数,目前面临着重重障碍。而障碍之一就是,我们测得的SNP标记并不能完整地反映基因组中真正关键的SNP。遗传力会因时间和地点而异的假设带来了第二个障碍。在研究环境和人群相差巨大的情况下,如果仅仅去寻找共有的遗传效应,那么得到的结果可能...