2. MAF过滤,即过滤稀有SNP,有报道稀有SNP大多由于测序错误导致,过滤标准建议0.05 或者0.01 ,这和你的样本数量有关,样本数量多建议0.01:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1755-0998.12995 3. SNP cluster 和indel附近的SNP过滤掉,因为这些类型的SNP错误率很高:https://www.nature.com/articles/nbt...