现在,我么有了一个过滤后的VCF文件,即raw.g5mac3.recode.vcf 。下一步就是根据最低深度进行过滤(还可以加上平均深度) vcftools --vcf raw.g5mac3.recode.vcf --minDP3--recode --recode-INFO-all --out raw.g5mac3dp3 这一步我们保留了在至少有3个read的位点。由于GATK/FreeBayes在群体 SNP calling...
这将会将原先的结果拆分成SNP和INDEL两个部分,同时保留位点的INFO标签和基因型信息。接着用VCFTools移除其中的indels vcftools --vcf DP3g95p5maf05.prim.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out SNP.DP3g95p5maf05 我们得到了8379个SNP,然后使用HWE过滤 ./filter_hwe_by_pop.pl -v SNP.DP...
SNP过滤教程(通用过滤) little_sandy关注IP属地: 河北 2021.11.02 10:03:26字数14阅读505 https://zhuanlan.zhihu.com/p/65720484 ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 0人点赞 bioinformatics 更多精彩内容,就在简书APP "小礼物走一走,来简书关注我"赞赏支持还没有人赞赏,支持一下 little_sandy 总...
这将会将原先的结果拆分成SNP和INDEL两个部分,同时保留位点的INFO标签和基因型信息。接着用VCFTools移除其中的indels vcftools --vcf DP3g95p5maf05.prim.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out SNP.DP3g95p5maf05 我们得到了8379个SNP,然后使用HWE过滤 ./filter_hwe_by_pop.pl -v SNP.DP...
根据群体内HWE过滤VCF 学习将VCF文件分开输出为SNP和INDEL 使用单倍型鉴定脚本(haplotyping scripts)进一步过滤SNP,处理旁系同源基因和基因型识别时的报错 正文 欢迎大家来到SNP过滤练习部分。我们第一部分的练习适用于基本上所有的VCF文件。第二部分练习,我们将会处理FreeBayes得到的VCF文件。当然,其他SNP caller也能输出类似...