最近一直在帮师姐根据SNP找基因组上的酶切多态位点,然后给她提供该位点附近1kb的序列,让她去设计引物。由于我本科就做过一点点的遗传定位,当时用的是SSCP(单分子构象多态性)去区分单个碱基差异,所以我对SNP分子比较的检测方法就局限在高通量测序和SSCP而已。然后今天猛然听师兄说他要用dCAPS来根据SNP位点对群体进行基因型
SNP引物和探针的原理在于探针退火温度：SNP的引物探针还是比较讲究的，首先探针的Tm值要比引物高5℃左右，保证引物延伸的时候探针正在模板上卧轨，等待被水解。SNP检测尽量用MGB探针，由于MGB这种淬灭集团会结合到DNA的小沟，提高Tm值，也就是说普通探针要二三十个碱基才能达到的Tm值，MGB探针十多个就可以达到了。比如...
解析 比如说用primer3,你就把找到的包括这个SNP的一段序列copy进去,在你的snp周围用方括号包括一段序列,然后让primer3设计就可以了 结果一 题目 已知一个SNP位点,怎么设计引物?用在线的引物设计. 答案 比如说用primer3,你就把找到的包括这个SNP的一段序列copy进去,在你的snp周围用方括号包括一段序列,然后让prime...
SNP引物设计合成,单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphisms,SNPs),即指由于单个核苷酸碱基的改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象,这就是SNP。由于SNP在人类基因组
LZ有可能的话最好在那个位点前后3-400bp的地方设计引物，那样的话测出来后那个位点大概会在峰图的中间（一次测序大概能测出800个有效的碱基），准确度可以得到很好的保证，只要你引物没有问题。哈哈本人才疏学浅，以上意见仅供LZ参考，如果有不对的地方还请各位网上的大侠们指出^_^ ...
在Assay Type栏中选择下图红色区域中的“Genotypong(SNP)”,此选项为焦磷酸测序法检测SNP突变位点PCR扩增的引物设计选项。 以下图文档中的碱基序列为例: 上图中A为SNP突变位点,“Ctrl+C”复制该碱基序列。 将复制好的序列“Ctrl+V”粘贴输入下图中的红色区域,结果如下图所示: ...
首先要知道你的SNP的分型方法是什么？是PCR—RFLP？还是四引物法？还是用来做Taq探针的？等等。PCR—RFLP的话，引物设计原则与普通PCR相同，需要注意的PCR产物里不能有相应的酶切位点，而且PCR经酶切后的产物跑胶要容易分辨大小。没有合适的酶切位点，需要在PCR的上游或下游引物的3’端引入酶切位点...
taqman法SNP基因分型引物设计及Primerexpressss教程会计学内容目录第1页/共10页一、 SNP引物、探针设计原则二、 primer express软件设计教程-以rs2243106为例一、 引物设计原则第2页/共10页扩增产物控制在50-150 bp,以便获得最大扩增效率。探针长度设计在13-25 bp,且位置不与上下游引物重叠。探针Tm值控制在65-67...
如何对SNP设计引物: CAPS, dCAPS 简介:最近一直在帮师姐根据SNP找基因组上的酶切多态位点,然后给她提供该位点附近1kb的序列,让她去设计引物。由于我本科就做过一点点的遗传定位,当时用的是SSCP(单分子构象多态性)去区分单个碱基差异,所以我对SNP分子比较的检测方法就局限在高通量测序和SSCP而已。
在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象,这就是SNP。由于SNP在人类基因组中数量较多,发生频率较高,因此被认为是继微卫星之后的新一代遗传学标记,在医学遗传学、药物遗传学、疾病遗传学、疾病诊断学、以及人类进化等研究领域都有着很高的研究价值和应用...