基于KASP(kompetitive allele specific PCR)技术平台,开发并验证可用于烟草核心种质基因分型的SNP(single nucleotide polymorphism)标记和对应检测引物,为烟草种质基因型鉴定评价、遗传多样性分析、核心种质筛选等提供技术和数据支持。利用Python和Perl脚本程序对覆盖烟草全基因组的1 179 154个SNP位点进行KASP引物设计和筛选...
近日,《生物技术通报》在线发表了《基于 SLAF-seq 技术的石斛兰 SNP 标记开发及亲缘关系分析》文章。本研究利用 SLAF-seq技术对收集保存的 60 份石斛兰种质资源进行 SNP标记开发,基于 SNP 标记进行遗传关系分析,以探明遗传背景尚不明晰的石...
近两年来,团队开发了水稻抗稻瘟病、抗白叶枯病、育性恢复、抗倒伏等数十个形状,将近30个基因的功能SNP分子标记。这些标记已经服务于隆平高科等数十家种业单位,以及中国农业科学院、湖南农业大学等十几家科研与高校单位,帮助的育种项目已有近百个...
(3) 余世洲等 :烟草种质基因分型核心 SNP 标记的开发 95 标记外,其余染色体含有 SNP 标记数目均超过了 25 个,且 Chr.08 染色体有 43 个 SNP 标记,数量最多(图 2-B).732 个 SNP 标记的 PIC 变化范围为 0.21-0.37, 平均值为 0.33,MAF 变化范围为 0.14-0.49,平均值 也为 0.33,说明这些标记在 150 ...
近日,《生物技术通报》在线发表了《 基于 SLAF-seq 技术的石斛兰 SNP 标记开发及亲缘关系分析 》文章。本研究利用 SLAF-seq技术对收集保存的 60 份石斛兰种质资源进行 SNP标记开发,基于 SNP 标记进行遗传关系分析,以探明遗传背景尚不明晰的石斛兰种质亲缘关系,为今后石斛兰育种、品种鉴定、遗传图谱构建等研究提供理...
近日,《生物技术通报》在线发表了《 基于 SLAF-seq 技术的石斛兰 SNP 标记开发及亲缘关系分析 》文章。本研究利用 SLAF-seq技术对收集保存的 60 份石斛兰种质资源进行 SNP标记开发,基于 SNP 标记进行遗传关系分析,以探明遗传背景尚不明晰的石斛兰种质亲缘关系,为今后石斛兰育种、品种鉴定、遗传图谱构建等研究提供理...
SNP检测结果根据BWA比对结果BAM文件,利用samtools、Picard-tools和Reseqtools对比对结果进行处理(排序、去重复、加ID等),然后应用GATK的unifiedGenotyper完成样品的个体SNP检测。在一致序列(即经比对后获得的样本的所有SNP信息)的基础上,将检测到的基因型与参考序列之间存在多态性的位点进行过滤,得到高可信度的SNP数据集...
大量存在的SNP位点，使人们有机会发现与各种疾病，包括肿瘤相关的基因组突变；从实验操作来看，通过SNP发现疾病相关基因突变要比通过家系来得容易；有些SNP并不直接导致疾病基因的表达，但由于它与某些疾病基因相邻，而成为重要的标记。SNP在基础研究中也发挥了巨大的作用，近年来对Y染色体SNP的分析，使得在...
SNP标记是通过基因组或转录组测序，对其序列进行比对，一般是variant calling后对其结果分析和筛选，得到SNP...
5b连锁的SNP标记SNP724,该标记与抗性基因之间的物理距离为3.8kb,与标记Sw-5-2的一致性结果可达到92.4%,分子标记鉴定结果与田间抗病表型一致性可达到90%以上,说明上述SNP标记可以用于番茄抗斑萎病抗性基因Sw-5b的分子标记辅助育种;该SNP标记可以用于高通量的分子检测平台,与第二代分子标记相比,检测方式更为简便、...