为了验证染色质景观数据的准确性,作者检查了snATAC-seq数据和相应的scRNA-seq数据的一致性(图1a,b)。作者对先前发表的scRNA-seq数据集(包括3.3 hpf、5.25 hpf、10 hpf、12 hpf、18 hpf和24 hpf)结合本研究中获得的6 hpf胚胎的未发表的scRNA-seq数据进行了无监督聚类分析,并确定了30个簇(簇28因细胞太少和缺...
我们使用snATAC-seq技术对来自三名捐赠者的胰岛进行了研究,经过滤获得了15298个细胞,将它们聚类为12个簇,分别为Beta、Alpha、Delta、Gamma、导管细胞、腺泡细胞、免疫细胞、星状细胞和内皮细胞。 每个细胞类型的motif分析揭示了细胞类型特有的转录因子和motif序列,例如我们观察到PDX1在Bate 和delta细胞中富集,MAF在alp...
1、 胰岛单核细胞图谱 我们使用snATAC-seq技术对来自三名捐赠者的胰岛进行了研究,经过滤获得了15298个细胞,将它们聚类为12个簇,分别为Beta、Alpha、Delta、Gamma、导管细胞、腺泡细胞、免疫细胞、星状细胞和内皮细胞。 每个细胞类型的motif分析揭示了细胞类型特有的转录因子和motif序列,例如我们观察到PDX1在Bate 和d...
为了验证染色质景观数据的准确性,作者检查了snATAC-seq数据和相应的scRNA-seq数据的一致性(图1a,b)。作者对先前发表的scRNA-seq数据集(包括3.3 hpf、5.25 hpf、10 hpf、12 hpf、18 hpf和24 hpf)结合本研究中获得的6 hpf胚胎的未发表的scRNA-seq数据进行了无监督聚类分析,并确定了30个簇(簇28因细胞太少和缺...
snatac-seq是一种用于研究染色质结构和转录组的技术。其原理是将染色质与转录组相结合,通过对染色质进行甲基化修饰,然后使用限制性内切酶对甲基化的DNA进行切割。接着,将切割后的DNA与转录组进行连接,并进行测序分析。这样可以同时获得染色质结构和转录组的信息,从而揭示染色质的空间结构与转录组调控之间的关系。snat...
图 结合snATAC-seq和scRNA-seq数据对发育中的斑马鱼胚胎进行分析 四、研究总结 综上所述,本文生成了斑马鱼早期胚胎发生的染色质可及性谱,证明其与相应发表的scRNA-seq数据高度一致,为深入研究斑马鱼胚胎发育过程中的表观遗传调控机制提供了宝贵的资源。 参考文献 ...
我们使用snATAC-seq技术对来自三名捐赠者的胰岛进行了研究,经过滤获得了15298个细胞,将它们聚类为12个簇,分别为Beta、Alpha、Delta、Gamma、导管细胞、腺泡细胞、免疫细胞、星状细胞和内皮细胞。 每个细胞类型的motif分析揭示了细胞类型特有的转录因子和motif序列,例如我们观察到PDX1在Bate 和delta细胞中富集,MAF在alp...
Fig 1i:PROGENy分析了不同细胞的通路活性。空间和单细胞的整合可以使我们看到不同解剖区域细胞的功能。比如成纤维富集的部位,TGFβ信号通路活化增强。而在缺血梗死区,髓系细胞丰度增加的区域,NFκB信号通路活化增强。 Fig 1j:整合snATAC-seq和空转数据,测到的转录因子binding区域和细胞类型相符。比如心肌细胞的MEF2C...
结合10X Genomics测序平台,Chromium单细胞核ATAC测序技术(snATAC-seq)可以帮助研究者在单细胞水平上分析染色质开放性,逐个细胞地揭示表观基因组景观,从而获得细胞类型和状态的信息并深入探究基因调控机制。snATAC-seq可广泛应用于癌症、免疫、干细胞、胚胎分化发育和神经分化发育等表观遗传修饰的研究,为疾病或遗传发育等...
在本教程中,我们将对来自10X和snATAC-seq技术产生的成年小鼠大脑的单细胞ATAC-seq测序数据进行整合分析。该示例的所有数据可以从以下链接进行下载:http://renlab.sdsc.edu/r3fang/share/github/Mouse_Brain_10X_snATAC/ image.png 分析流程 Step 0. Download data ...