Snakemake配置错误:检查Snakemake的配置文件或命令行参数,确保没有禁用等待时间的设置。 总之,当Snakemake找不到输出文件并抛出MissingOutputException异常时,需要检查输出文件路径、输入文件的存在和路径、权限、并发冲突等问题。对于等待时间被忽略的情况,需要确保输入文件和输出文件的时间戳...
reason 我第一写完流程跑的时候发现日志文件中写着reason: Missing output files,我以为是因为我的语法不标准或者错误,导致报错,但是后边的流程都执行了,这一步的输出文件也正常。 后来才知道,reason不是推测的意思,而是名词原因的意思,这一步为什么会执行,因为输出文件不在指定的位置,换言之,如果我们跑完fastp_se...
reason 我第一写完流程跑的时候发现日志文件中写着reason: Missing output files,我以为是因为我的语法不标准或者错误,导致报错,但是后边的流程都执行了,这一步的输出文件也正常。 后来才知道,reason不是推测的意思,而是名词原因的意思,这一步为什么会执行,因为输出文件不在指定的位置,换言之,如果我们跑完fastp_se...
后来才知道,reason不是推测的意思,而是名词原因的意思,这一步为什么会执行,因为输出文件不在指定的位置,换言之,如果我们跑完fastp_se后中断了snakemake流程,下次在接着跑流程,是不会跑fastp_se这一步的,因为这一步运行后输出了正确的文件results/trimmed/GSM6001951_L3.fastq reason: Missing output files: results...
4:Missing files after 5 seconds: This might be due to filesystem latency. If that is the case, consider to increase the wait time with --latency-wait. 翻译:这可能是由于文件系统延迟造成的。如果是这样,考虑使用延迟等待来增加等待时间。
reason:Missing output files:results/trimmed/GSM6001951_L3.fastq.gz rule all snakemake的rules的执行顺序是:如果rule1的输出是rule2的输入那么,他们是串联关系,如果没有这种输入和输出依赖关系,那么rules可以并联同时执行。 所以如果rule1的输出在之后的rule中没有用到,那么就应该写在rule all中,否则,rule1不会...
ls snakemake-testing/testing-output/data/test/ 1.txt 2.txt 3.txt 4.txt 5.txt Can verify that the not ignore_missing_output is set, so we jump into the try except (all is well, no error with wait_for_files). So we should be getting to where the error is thrown, let's reproduce...
output为文件夹Outputs of incorrect type (directories when expecting files or vice versa). Output directories must be flagged with directory().ref_split = directory(join(outdir0, "ref/ref_split"))当output是一个文件夹?关于snakemake自动建文件夹 好像不行。output只能是文件 才会建文件夹...
[Tue Dec 12 05:52:34 2023] rule calc_pi: input: s3://snakemake-testing-llnl/pi_MPI (retrieve from storage) output: s3://snakemake-testing-llnl/pi.calc (send to storage) log: s3://snakemake-testing-llnl/logs/calc_pi.log (send to storage) jobid: 1 reason: Missing output files: ...
Building DAG of jobs... MissingInputException in line 3 of /mnt/shared/scratch/myan/private/practice_data/RNAseq/snakemake.rnaseq/gtf_list.py: Missing input files for rule all: output.gtf/['ERR188337', 'ERR188245', 'ERR188428', 'ERR188401', 'ERR204916', 'ERR188383', 'ERR...