["PENDING", "CONFIGURING", "COMPLETING", "RUNNING", "SUSPENDED"] if "COMPLETED" in output: print("success") elif any(r in output for r in running_status): print("running") else: print("failed") $ snakemake all --jobs 100 --cluster "sbatch --cpus-per-task=1 --parsable" --...
例如,假设有两个规则rule1和rule2,其中rule1的输出文件是output1.txt,rule2的输入文件是input2.txt,那么可以在rule2的输入文件中使用{rule1}来引用rule1的输出文件,即input2.txt: {rule1}。 这种参考其他规则的输入或输出文件的方式在构建复杂的工作流时非常有用。它可以帮助我们避免重复定义相同的输入或输出文...
"optional_output.txt" if condition else "" shell: "command --input {input} --output {output}" 在上述示例中,如果满足条件condition,则会生成optional_output.txt文件;否则,不会生成该文件。 在规则(rule)之间使用条件语句:可以在规则之间使用条件语句来选择性地运行特定的规则。例如: 代码语言:txt 复制 ru...
head在读取所有输入之前终止管道，这会导致SIGPIPE错误。因为snakemake在strict模式下运行，所以它失败了，而...
_gene_id)]# 创建一个空的向量用于存储新的行名new_row_names<-character(length=length(matching_names))# 遍历匹配到的行名for(iin1:length(matching_names)){# 如果存在匹配的 external_gene_name,则使用它作为新的行名if(!is.na(matching_names[i])){new_row_names[i]<-matching_names[i]}else{#...
这里通过if else 来根据来返回不同的trim rule,以适应不同的场景。snakemake 是基于Python扩展的,Python原来的语法照样可以在snakmake里使用。 比对 创建bowtie2.smk, $touch workflow/rules/bowtie2.smk 写入以下内容, 采用bowtie2进行比对 ## workflow/rules/bowtie2.smk ...
else: return default ApplyVQSR 根据VariantRecalibrator得到的过滤指标和get_truth_sensitivity_filter_level设置的敏感度值,对 SNP 和 INDEL分别过滤。 通过的位点会标注 PASS rule ApplyVQSR: input: vcf="results/filtered/all.{v}.vcf.gz", recal="results/filtered/all.{v}.vcf", ...
o 01seq/clean {input} 2> {log}" 这里通过 if else 来根据来返回不同的 trim rule,以适应不同的场 景。snakemake 是基于 Python 扩展的,Python 原来的语法照样可 以在 snakmake 里使用。 比对 创建 bowtie2.smk, • $ touch workflow/rules/bowtie2.smk 写入以下内容, 采用 bowtie2 进行比对...
{srr_id}"_*.fastq.gz) # 检查是否找到任何文件 if [ -e "${files[0]}" ]; then return 0 # 文件存在 else return 1 # 文件不存在 fi } # 遍历每个SRR ID for srr_id in "${srr_ids[@]}"; do # 检查FASTQ文件是否已存在 if check_fastq_files_exist "$srr_id"; then echo "FASTQ...
(lambda r: r if _is_separating_line(r) else list(r), rows)) File "/home/user/miniconda3/envs/HAMLET/lib/python3.10/site-packages/tabulate/__init__.py", line 1471, in <lambda> rows = list(map(lambda r: r if _is_separating_line(r) else list(r), rows)) File "/home/user/...