https://yanglab.westlake.edu.cn/software/smr/#Overview 这个是Yang lab对SMR software的简洁,大概意思是,我这个算法开发出来就是计算基因表达水平和一个trait的之间的水平多效性的。工具变量用的是eQTL。 这里他提到的一个算法是SMR & HEIDI,后面我们详细看下。这个算法的目的是解释一个SNP对表型的影响是否是...
SMR做完因果分析后,我们会倾向直接使用SMR locus plot绘制几个causal gene的locus plot. 使用Yanglab给的参考代码,原链接如下 SMR | Yang Lab (westlake.edu.cn)yanglab.westlake.edu.cn/software/smr/#SMRlocusplot19 一般来说没有什么问题,但由于绘图部分是作者自己写的一个R的函数分享出来的,所以兼容性...
SMR(Summary data-based Mendelian Randomization)是一个针对汇总数据的孟德尔随机化方法,可以基于GWAS汇总数据进行因果推断 1. SMR安装和准备 # 下载 $ wget https://yanglab.westlake.edu.cn/software/smr/download/smr_v1.3.1_src.tar.gz $ tar-zxvf smr_v1.3.1_src.tar.gz $ cd smr_v1.3.1_src # ...
mQTL来源于两组外周血BSGS和LBC队列研究 (https://yanglab.westlake.edu.cn/software/smr/#mQTLsummarydata) 抑郁症的结局GWAS数据来源于PGC官网 (https://pgc.unc.edu/for-researchers/download-results/) (2) 下载安装SMR https://yanglab.westlake.edu.cn/software/smr/#Download (3) 创建SMR分析用的文件...
最后会给出两个结果文件 smr.smr smr.snp_failed_freq_ck.list 他的优点应该是最初仅试用于做eqtl或者pqtl和疾病的因果关系的吧,这方面的数据生态做的还不错。 Datasource部分 如果仅做双样本MR,请尽快离开! 网页链接及参数详情 SMR | Yang Lab (westlake.edu.cn)...
https://yanglab.westlake.edu.cn/software/smr/#SMRlocusplot19yanglab.westlake.edu.cn/software/smr/#SMRlocusplot19 when you want to plot the locus for a specific gene/methylation sites usingSMR resluts, you need to analysis the target probe SMR result and generate a file that can be ...
https://yanglab.westlake.edu.cn/software/smr/#Download (3)创建SMR分析用的文件夹 桌面新建一个文件夹,其中新建SMR及smr_win两个子文件夹(当然也可以换成其它的文件夹名称),将准备的QTL的数据及疾病的GWAS数据放在SMR文件夹中,同时还需要准备1000G的欧洲人口的数据放在SMR文件夹中。将氧化应激相关基因的list...
The source code underlying the SMR-Portal platform is available on GitHub at https://github.com/jianyanglab/SMR-Portal. References Tam, V. et al. Nat. Rev. Genet. 20, 467–484 (2019). Article CAS PubMed Google Scholar Abdellaoui, A., Yengo, L., Verweij, K. J. H. & Visscher...
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To generate the loucs omics plot with extracted file, please see the omics SMR plot page (https://yanglab.westlake.edu.cn/software/smr/#OmicsSMRplot). We also provide anR scirptto plot the omics SMR plot as presented in Wu et al.. Please see the demo plot below. ...