Meet the MiSeq i100 Series Kits & Reagents Library Preparation Kits Sequencing Reagents Microarray Kits Clinical Research Products IVD Products All Kits & Reagents Illumina Single Cell 3' RNA Prep An easy, scalable, and microfluidics-free workflow makes single-cell RNA-Seq (scRNA-Seq) accessible...
2013年,Nature Methods 杂志上报道了 SMART-seq2,该技术是经 SMART-seq 改进的一种测序方法,以提高单细胞RNA测序的效率和覆盖度。Smart-seq2的引物设计更加精确,可以更好地应对低质量RNA样本,并且在捕获基因表达信息时表现更为灵敏。 技术优势 全长转录本测序:获取细胞基因完整转录本信息,准确了解单细胞基因表达谱...
另外,可以明显发现基于全长测序方案的 Smart-seq 较 UMI,外显子区域的 reads 更多,其中 smart-seq2 有 48% 的 reads 比对到外显子区域(如下图)。这表明 Smart-seq2(48% reads 比对到外显子)和 Smart-seq(30% reads 比对到外显子)较 UMI 方案(均低于 15% reads 比对到外显子)有更好的测序质量。
Smart-seq2可以测少量的细胞和较多的基因,即如果对少量细胞的更全面的基因表达信息感兴趣,可以选择灵敏性高的Smart-seq2.虽然当下最火热的是10×Genomics的海量单细胞技术,但是在某些特殊或者少量细胞样本的单细胞转录组研究中,Smart-seq2技术有其独特的价值;在Smart-seq2技术基础上衍生的其它单细胞转录组测序技术为...
Smart-seq2 单细胞转录组测序通过 SMART 扩增技术对单个细胞中的 mRNA 进行逆转录和 PCR 扩增,结合转座酶建库技术,最终使用高通量测序手段,对单细胞中 mRNA 进行基因表达定量、功能富集、代谢通路等分析。它可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的...
Smart-seq2技术有较好的覆盖范围,可检测到稀有转录本,无需额外的专业设备,应用范围较广,可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题,是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具,极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。
Smart-seq2的基本实验流程包括单细胞分选、反转录(第一链合成)、模板置换(第二链合成)、cDNA扩增、文库构建、上机测序以及生信分析的过程。 图2 Smart-seq2的基本实验流程 具体而言,先使用流式细胞仪或者显微切割等方法获取单细胞并置于微孔板中,然后进行细胞裂解。随后在裂解液中加入含有oligo(dT)的引物反转录合成...
首先呢,smart-seq2技术依赖于C1这个仪器,每次都是96个细胞一起测序,每个细胞的测序量这个综述可能是写错了,应该是1M-10M为佳,不太可能是100-1000个M,最重要的是它可以覆盖到整个RNA分子的全长测序,每个细胞都是独立的测序,独立的fastq文件哦 。 然后呢,对于10X技术单细胞转录组呢,每次可以测好几千的细胞,每个...
Smart-seq是由路德维格癌症研究所的Rickard Sandberg实验室所开发的一套在全转录组范围进行单细胞RNA测序 (scRNA-seq)的方法。Smart-seq因为以全长mRNA建库,所以对转录本的测序覆盖度也有所上升。Smart-seq2是由Picelli等人从Smart-seq中改良而来(Picelli et al., 2013)(Picelli et al., 2014)。本文将从Smart-se...
Smart-seq2原理:通过设计oligo(dT)VN Primer作为逆转录引物,利用MMLVRT的模板转换活性,在cDNA的3’端添加一段接头序列,通过该接头序列进行反转录,生成cDNA第一条链。当逆转录酶到达mRNA5’末端时,会连续在末端添加几个胞嘧啶(C)残基。然后添加TSO(template-switching oligo)引物,退火后结合在第一条链的3’端与po...