SMART-seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNA transcript)是一项具里程碑意义的技术,相比于10x Genomics单细胞转录组测序技术只捕获转录本的 3’ 端序列,SMART-seq技术能够覆盖完整的转录本,从而在表达分析的基础上,进一步实现可变剪切和SNV检测等深入研究,是10x Genomics单细胞转录组技术的有益补充。这项...
Smart-seq2技术于2013年被发表于《Nature Methods》,在Smart-seq技术基础之上,通过使用一种模板切换引物探针(TSO)并将其3'末端最后一个鸟苷酸替换为锁核酸(locked nucleic acid,LNA),结合更高浓度的Mg2+和甜菜碱,提高扩增精准度的同时产量也跟得上,只需要50 pg级别的RNA即可满足构建测序文库的需求,同时通过改善MM...
你好！smart-seq是一个细胞建一个文库，因此价格是按照细胞数目进行计算的，这决定了当细胞通量达到较大...
单细胞转录组测序技术,现在常用的是Smart-seq2技术流程和10×Genomics技术流程,两种技术各有优缺点,Smart-seq2技术可以获得完整mRNA的信息,但借助FACS分选一次只能构建96-384个单细胞测序文库;10×Genomics技术可以构建海量的单细胞测序文库(100000级别),但是只能获取mRNA3’端的信息,即只能获取转录本的部分信息。 本章...
Drop-Seq和DroNc-seq是微滴技术,具体操作是油滴中包含细胞/细胞核、反应液和条形码珠。在每个油滴内进行分子/细胞条形码反转录。 microwell-seq,在微孔测序方法中,细胞和条形码头在孔中分离。 C1- CDGE也可以使用C1系统进行,该系统能够在单个细胞中对转录本的5 '端进行链信息分析 ...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)是一种用于研究单个细胞转录谱的技术。与传统的大群体测序不同,它强调了mRNA水平的细胞-细胞变异,更深入地了解健康和疾病的先决条件。scRNAseq的主要挑战来自于单个细胞只包含少量的mRNA。从极其有限的材料中提取有意义的生物信息需要具有特殊灵敏度和重现性的scRNA-seq制备方法。
利用Smart-seq2技术对3792个细胞进行单细胞测序，对脑脊液细胞的基因表达情况进行了全面表征。过滤掉低质量...
Smart-seq2是一种在全转录组范围进行单细胞RNA测序的方法。该方法由Smart-seq改良而来。Smart-seq2与目前最主流的10x Genomics单细胞转录组测序技术在技术层面是一致的,都是对单细胞水平下的转录组进行测序,但两技术所得的测序结果则各有特点。2019年,张泽民教授系统地将10x Genomics Chromium与Smart-seq2进行了比较...
smart-seq通常以分组的PCA点图呈现细胞群落，聚焦于组间、组内差异和基因表达变化。而10xGenomics常见于Umap、TSNE等可视化技术，用于展示细胞速度分析和特定基因在不同分组中的分布。综上，选择单细胞测序技术应根据具体需求和偏好，考虑细胞类型多样性、差异基因检测、转录组变化监测以及分析图效果等因素。