SLAM-seq分析表明NAT10过表达显著延长了mRNA的半衰期,在NMCMs中从8.75h延长至11.11h,在NMCFs中从3.36h延长至4.98h,特别是对ac4C(+)转录本的影响更为显著。研究通过多组学数据整合分析,在NMCMs中整合acRIP-seq、RNA-seq和SLAM-seq数据鉴定出62个靶基因,在NMCFs中鉴定出70个靶基因,并通过整合Ribo-seq、acRIP-s...
SLAM-seq(thiol(SH)-linked Alkylation for the Metabolic sequencing of RNA)可以理解为“S4U烷基化RNA代谢测序技术”,通过核苷类似物(S4U) 标记和高通量测序方法,实现对新生RNA与原有RNA的定量和识别。SLAM-seq技术有助于检测RNA的半衰期与稳定性变化,鉴定RNA修饰所介导的靶基因变化,以及揭示mRNA稳定性的决定性因素。
SLAM-seq服务(RNA代谢测序) 通过高通量测序技术绘制基因表达图谱,可以揭示RNA在一个稳定状态下质和量上的变化,但是这仅仅是基因表达的一个“快照”,无法观察到RNA转录、加工和降解的细胞内动态过程。SLAM-seq,即thiol(sh)-linkedal 更多 Pacbio 全长转录组 Iso-seq 服务 ...
SLAM-seq(thiol(SH)-linked Alkylation for the Metabolic sequencing of RNA)可以理解为“S4U烷基化RNA代谢测序技术”,通过核苷类似物(S4U) 标记和高通量测序方法,实现对新生RNA与原有RNA的定量和识别。SLAM-seq技术有助于检测RNA的半衰期与稳定性变化,鉴定RNA修饰所介导的靶基因变化,以及揭示mRNA稳定性的决定性因素。
SLAM-seq服务(RNA代谢测序) 传统的转录组测序技术,可以揭示RNA在一个稳定状态下质和量上的变化,但是这仅仅是基因表达的一个“快照”,无法观察到RNA转录、加工和降解的细胞内动态过程。SLAM-seq,即thiol(sh)-linked alkylation for the metabolic sequencing of RNA,可以理解为“S4U烷基化RNA代谢测序技术”,可观察转...
研究者敲除白血病前期细胞的YTHDF2,再进行meRIP-seq,发现敲除组中表达水平显著上调的mRNA具有丰富的 m6A修饰。为了研究带有m6A修饰的mRNA的上调机制,研究者利用SLAM-seq检测mRNA的半衰期,证实m6A修饰使这 些基因的半衰期延长了。 利用SLAM-seq分析Ythdf2敲除组和对照组的转录组半衰期。 E,衰减曲线显示敲降组的mRNA...
对于时间分辨的RNA-seq,整合了Lexogen’s SLAMseq标记试剂盒,QuantSeq3’mRNA-Seq文库构建试剂盒,以及SLAMdunk分析软件。工作流程 SLAMseq系列产品是基于一种新的全转录组定量、快速和可靠的标记方法:通过硫醇(SH)烷基化标记用于RNA的代谢测序1。用核苷酸类似物4-硫代嘌呤(4-Thiouridine,S4U)与细胞孵育,S4U被细胞摄入...
Nature | 新技术scSLAM-seq可在单细胞水平揭示转录动态变化的核心特征,程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
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图1 | scSLAM-seq技术解析单细胞水平的转录活性。(图片来源:Erhard et al. Nature, 2019) 高度可变细胞基因的无偏主成分分析(PCA)结果显示,不能区分感染巨细胞病毒的细胞和未感染的细胞,无论是总RNA还是旧RNA,对新RNA只能有轻微的区分(图2a)。因此,细胞间异质性超过了病毒诱导的变化,这种变化在感染后两小时内...